RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	29.47	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	AACS	Q86V21	672 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	SNRK	Q9NRH2	765 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	LBX1	P52954	281 aa		29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP3K11	Q16584	847 aa		29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM83A	Q86UY5	434 aa		29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		29.46	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH2	Q9UKX2	1941 aa		29.45	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	29.45	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	MECOM	Q03112	1051 aa		29.45	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	USP40	Q9NVE5	1235 aa		29.45	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	RAI14	Q9P0K7	980 aa		29.45	■■■□□ 2.31
CPNE1-223	ENST00000475146	GAK	O14976	1311 aa		29.45	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	29.44	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		29.44	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		29.44	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	TSKS	Q9UJT2	592 aa		29.44	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	CA12	O43570	354 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	29.43	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	29.43	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	BCL11A	Q9H165	835 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	GSTO1	P78417	241 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	TCP10	Q12799	353 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	29.41	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	BTD	P43251	543 aa		29.41	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	NFIA	Q12857	509 aa		29.41	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	29.41	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	CSRNP1	Q96S65	589 aa		29.41	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	RAB11FIP3	O75154	756 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM151A	Q8WW52	585 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	29.4	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	HOOK2	Q96ED9	719 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	29.4	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	LDHC	P07864	332 aa		29.39	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	ZAP70	P43403	619 aa		29.39	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	29.39	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF384	Q8TF68	577 aa		29.39	■■■□□ 2.3
CPNE1-223	ENST00000475146	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		29.38	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	UNCX	A6NJT0	531 aa		29.38	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	SPRYD7	Q5W111	196 aa		29.38	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	29.37	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		29.37	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	OTOF	Q9HC10	1997 aa		29.36	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		29.36	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	29.36	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	DCAF15	Q66K64	600 aa		29.36	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	WNK4	Q96J92	1243 aa		29.36	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	RGS3	P49796	1198 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	29.35	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	TNS4	Q8IZW8	715 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	ELP3	Q9H9T3	547 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	RNF186	Q9NXI6	227 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	TRPA1	O75762	1119 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP3K9	P80192	1104 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	IDI2	Q9BXS1	227 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	29.34	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	CSAD	Q9Y600	493 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	ENTPD3	O75355	529 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	SREBF2	Q12772	1141 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	PICALM	Q13492	652 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	MIGA2	Q7L4E1	593 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX55	Q8NHQ9	600 aa	Known RBP eCLIP	29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	WRNIP1	Q96S55	665 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	AK9	Q5TCS8	1911 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CPNE1-223	ENST00000475146	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	VGLL4	Q14135	290 aa		29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP1R3F	Q6ZSY5	799 aa	Predicted RBP	29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		29.32	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	29.31	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	RHBDL3	P58872	404 aa		29.31	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		29.31	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	29.3	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	OPTN	Q96CV9	577 aa		29.3	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	CRBN	Q96SW2	442 aa		29.3	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	29.3	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	TM4SF4	P48230	202 aa		29.29	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	29.28	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	IGSF3	O75054	1194 aa		29.28	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	BAG3	O95817	575 aa		29.28	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	29.28	■■■□□ 2.28
CPNE1-223	ENST00000475146	GJA5	P36382	358 aa		29.28	■■■□□ 2.28

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