RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-215ENST00000478473 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP29.09■■■□□ 2.25
C9orf3-215ENST00000478473 CLRN2A0PK11 232 aa29.08■■■□□ 2.25
C9orf3-215ENST00000478473 RLBP1P12271 317 aa29.08■■■□□ 2.25
C9orf3-215ENST00000478473 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP29.08■■■□□ 2.252e-7■■■■□ 26.1
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF70Q9UC06 446 aaPredicted RBP29.08■■■□□ 2.25
C9orf3-215ENST00000478473 MAST3O60307 1309 aa29.08■■■□□ 2.25
C9orf3-215ENST00000478473 PNMA6EA0A0J9YXQ4 647 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 SSC5DA1L4H1 1573 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 UNCXA6NJT0 531 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 UBE2Q2LH0YL09 131 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TNFAIP1Q13829 316 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 POLA2Q14181 598 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TNS4Q8IZW8 715 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 ZDHHC15Q96MV8 337 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 SALL1Q9NSC2 1324 aa29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 GNL3LQ9NVN8 582 aaKnown RBP29.07■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 HHIPL2Q6UWX4 724 aa29.06■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 ARMC9Q7Z3E5 817 aa29.06■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TEKT1Q969V4 418 aa29.06■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TDRD3Q9H7E2 651 aaKnown RBP29.06■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 AKAP2Q9Y2D5 859 aa29.06■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 PDS5AQ29RF7 1337 aaKnown RBP29.05■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 RASA3Q14644 834 aa29.05■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 SUPT20HL1Q3ZLR7 823 aa29.05■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP29.05■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 PHKA1P46020 1223 aa29.04■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 SSH3Q8TE77 659 aa29.04■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 CSRNP1Q96S65 589 aa29.04■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 VEZTQ9HBM0 779 aa29.04■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 SAGE1Q9NXZ1 904 aa29.04■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 DENND2AQ9ULE3 1009 aa29.04■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 MYH13Q9UKX3 1938 aa29.03■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 ATP8B2P98198 1209 aa29.03■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TFCP2Q12800 502 aa29.03■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 FKBP1CQ5VVH2 108 aa29.03■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC102BQ68D86 513 aa29.03■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 APOBEC3HQ6NTF7 200 aaKnown RBP29.03■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 A0A1B0GUL7 405 aa29.02■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 ADORA1P30542 326 aa29.02■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TIMM10P62072 90 aa29.02■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TTLL12Q14166 644 aaPredicted RBP29.02■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TEPSINQ96N21 525 aa29.02■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 TNFRSF11AQ9Y6Q6 616 aaPredicted RBP29.02■■■□□ 2.24
C9orf3-215ENST00000478473 PPP1R12BO60237 982 aaPredicted RBP29.01■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP29.01■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 MVPQ14764 893 aaKnown RBP28.99■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 ITPRIPQ8IWB1 547 aa28.99■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 XAGE2Q96GT9 111 aa28.99■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 ANGEL1Q9UNK9 670 aaKnown RBP28.99■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 MS4A1P11836 297 aa28.98■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 TNNI2P48788 182 aa28.98■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP28.98■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 FAM83AQ86UY5 434 aa28.98■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 GPR108Q9NPR9 543 aa28.98■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP28.98■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 USP2O75604 605 aaPredicted RBP28.97■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 PRDX5P30044 214 aa28.97■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 TM4SF4P48230 202 aa28.97■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 RASGRF1Q13972 1273 aa28.97■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 RNF186Q9NXI6 227 aa28.97■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 ZGPATQ8N5A5 531 aaKnown RBP28.96■■■□□ 2.23
C9orf3-215ENST00000478473 LDHBP07195 334 aaKnown RBP28.95■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 PRKG1Q13976 671 aa28.95■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 TSKSQ9UJT2 592 aa28.95■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 RPAP1Q9BWH6 1393 aaPredicted RBP28.94■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 TCP10L2B9ZVM9 353 aa28.94■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 SPRYD7Q5W111 196 aa28.94■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 PANK1Q8TE04 598 aa28.94■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 FZD1Q9UP38 647 aa28.94■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 DAGLAQ9Y4D2 1042 aa28.94■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 IREB2P48200 963 aaKnown RBP28.93■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 TMEM39BQ9GZU3 492 aa28.93■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 LAMB1P07942 1786 aa28.93■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 AKAP11Q9UKA4 1901 aa28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 ZBTB48P10074 688 aaPredicted RBP28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 ARID4AP29374 1257 aaPredicted RBP28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 CDAN1Q8IWY9 1227 aa28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 ANKRD13AQ8IZ07 590 aa28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 FAM163AQ96GL9 167 aaPredicted RBP28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 C1orf115Q9H7X2 142 aa28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 TMOD2Q9NZR1 351 aa28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 GAKO14976 1311 aa28.92■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 DIXDC1Q155Q3 683 aa28.91■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 CEP85Q6P2H3 762 aa28.91■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 SLC10A4Q96EP9 437 aa28.91■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 RCAN3Q9UKA8 241 aa28.91■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 CLMNQ96JQ2 1002 aa28.9■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 NEUROD6Q96NK8 337 aa28.9■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 CFHR5Q9BXR6 569 aa28.9■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 SURF6O75683 361 aaKnown RBP28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 TRPA1O75762 1119 aa28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 CACNB3P54284 484 aa28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 SREBF2Q12772 1141 aa28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 SPTY2D1Q68D10 685 aaPredicted RBP28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 CDC42EP5Q6NZY7 148 aa28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 HMG20BQ9P0W2 317 aa28.89■■■□□ 2.22
C9orf3-215ENST00000478473 INHBEP58166 350 aa28.88■■■□□ 2.21
C9orf3-215ENST00000478473 TNNI3KQ59H18 835 aa28.88■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 72.4 ms