RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	TRMT5	Q32P41	509 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NANOGP8	Q6NSW7	305 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	VHLL	Q6RSH7	139 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC46A3	Q7Z3Q1	461 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PATL1	Q86TB9	770 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC30A8	Q8IWU4	369 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC36	Q8IYA8	594 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	VANGL1	Q8TAA9	524 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	FGFBP3	Q8TAT2	258 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM54	Q969K7	222 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	DOK1	Q99704	481 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNS3	Q9BQ31	491 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NANOG	Q9H9S0	305 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MEPE	Q9NQ76	525 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TAS2R5	Q9NYW4	299 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC13A4	Q9UKG4	626 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV4-61	A0A0C4DH41	118 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAPPC13	A5PLN9	417 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	C11orf98	E9PRG8	122 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ASAH2B	P0C7U1	165 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP4	P12644	408 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF35	P13682	527 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	IFNGR1	P15260	489 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF16	P17020	682 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NR4A2	P43354	598 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NPRL3	Q12980	569 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CAMK2D	Q13557	499 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF813	Q6ZN06	617 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CXXC5	Q7LFL8	322 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC17	Q8N6Y2	441 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXB1	Q99853	325 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ULBP2	Q9BZM5	246 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC19A3	Q9BZV2	496 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM160	Q9NX00	188 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC7A7	Q9UM01	511 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCE1	Q9P212	2302 aa		10.34	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	hCG_2039718	K7EN88	272 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFS8	O00217	210 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINI2	O75830	405 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CH25H	O95992	272 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PGA4	P0DJD7	388 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PGA3	P0DJD8	388 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ADORA3	P0DMS8	318 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	B4GALT1	P15291	398 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF1B	P20333	461 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	AHCY	P23526	432 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PDLIM4	P50479	330 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	BID	P55957	195 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MELK	Q14680	651 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	GSG1	Q2KHT4	349 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	COQ5	Q5HYK3	327 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	INTS11	Q5TA45	600 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	REP15	Q6BDI9	236 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LRFN4	Q6PJG9	635 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35D2	Q76EJ3	337 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF584	Q8IVC4	421 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CDK20	Q8IZL9	346 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZCCHC24	Q8N2G6	241 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SVOPL	Q8N434	492 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	C10orf53	Q8N6V4	93 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR8J3	Q8NGG0	315 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6X1	Q8NH79	312 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC58	Q96CX6	371 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MPP4	Q96JB8	637 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF583	Q96ND8	569 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPHS2	Q99611	448 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SAR1A	Q9NR31	198 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FKBP7	Q9Y680	259 aa		10.33	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	KPNA4	O00629	521 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPAN19	P0C672	248 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NPR2	P20594	1047 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NR4A1	P22736	598 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CSNK1A1	P48729	337 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	UGT2B15	P54855	530 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	LSM11	P83369	360 aa	Known RBP eCLIP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	RUNX1T1	Q06455	604 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	KLF10	Q13118	480 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SNTB2	Q13425	540 aa	Known RBP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FXN	Q16595	210 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST3H3	Q16695	136 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT80	Q6KB66	452 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC33	Q6PID6	262 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	CARM1	Q86X55	608 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NKAIN4	Q8IVV8	208 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SKA3	Q8IX90	412 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	IL17RD	Q8NFM7	739 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6N1	Q8NGY5	312 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	PFN4	Q8NHR9	129 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM255B	Q8WV15	326 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXN4	Q96NZ1	517 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	VRK1	Q99986	396 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	SOX7	Q9BT81	388 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	MYOZ1	Q9NP98	299 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	B3GAT2	Q9NPZ5	323 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	NANS	Q9NR45	359 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	FGFR1OP2	Q9NVK5	253 aa		10.32	□□□□□ -0.76
PTPRF-211	ENST00000467464	ARGLU1	Q9NWB6	273 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76

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