RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	REXO5	Q96IC2	774 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL5B	Q96KC2	179 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5B2	Q96R09	309 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TACO1	Q9BSH4	297 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GSX2	Q9BZM3	304 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOSC3	Q9NQT5	275 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CTPS2	Q9NRF8	586 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS50	Q9UI38	385 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHGB4	Q9UN71	923 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35A3	Q9Y2D2	325 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	FLNA	P21333	2647 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ACAN	P16112	2415 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV3D-15	A0A087WSY6	115 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	UQCRHL	A0A096LP55	91 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA8Q	A0A0J9YX86	632 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA8O	A6NCC3	632 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC154	A6NI56	674 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	AGAP5	A6NIR3	686 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF716	A6NP11	495 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF724	A8MTY0	619 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA8N	F8WBI6	632 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	HS3ST1	O14792	307 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	HDAC3	O15379	428 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP7B1	O75881	506 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ADA	P00813	363 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	FES	P07332	822 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	COX5A	P20674	150 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	NTF4	P34130	210 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PTH2R	P49190	550 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC18A1	P54219	525 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	NR1H2	P55055	460 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNJ10	P78508	379 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ATAD3B	Q5T9A4	648 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	HHAT	Q5VTY9	493 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM5	Q6NVV9	412 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZT83	130 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CROCCP2	Q86T23	111 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF130	Q86XS8	419 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF611	Q8N823	705 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS37A	Q8NEZ2	397 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A43	Q8WUT9	341 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PERP	Q96FX8	193 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TRNT1	Q96Q11	434 aa	Known RBP	10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	HDHD5	Q9BXW7	423 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF701	Q9NV72	531 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	THAP1	Q9NVV9	213 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL9	Q9P2J3	617 aa		10.6	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	AP3D1	O14617	1153 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGEF9	O43307	516 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RAMP1	O60894	148 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PMS2P2	O95744	297 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GSN	P06396	782 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CHI3L1	P36222	383 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	APOBEC1	P41238	236 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RASGEF1B	Q0VAM2	473 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ITGAD	Q13349	1161 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CAPRIN1	Q14444	709 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	P2RY6	Q15077	328 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PDK3	Q15120	406 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9B1	Q4ZJI4	515 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	NCMAP	Q5T1S8	102 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC74B	Q6ZQY2	392 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZC3HAV1	Q7Z2W4	902 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GRINA	Q7Z429	371 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	YTHDF3	Q7Z739	585 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRG3	Q86Y34	549 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	P3H2	Q8IVL5	708 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MGARP	Q8TDB4	240 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM234	Q8WY98	164 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	NEUROG1	Q92886	237 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KISS1R	Q969F8	398 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF775	Q96BV0	537 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464		Q96MF0	132 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	OR52E6	Q96RD3	313 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PAIP2	Q9BPZ3	127 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	OR11A1	Q9GZK7	315 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	FANCF	Q9NPI8	374 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRNA9	Q9UGM1	479 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MPDZ	O75970	2070 aa		10.59	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	DSPP	Q9NZW4	1301 aa		10.58	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM64	A6NGJ6	449 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM64B	A6NI03	449 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464		H7C1Q1	480 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	FAAH	O00519	579 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	THBS1	P07996	1170 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	DANCR	P0C864	163 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	KIT	P10721	976 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV1-2	P23083	117 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	RYK	P34925	604 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGOH	P61326	146 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNL4A	P83876	142 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	H3F3A	P84243	136 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	LTB	Q06643	244 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	GTDC1	Q4AE62	458 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	PDCD4	Q53EL6	469 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	GPAT3	Q53EU6	434 aa		10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	BEND6	Q5SZJ8	279 aa	Predicted RBP	10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	BHLHA15	Q7RTS1	189 aa	Predicted RBP	10.58	□□□□□ -0.72
PTPRF-211	ENST00000467464	MTDH	Q86UE4	582 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72

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