RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	KSR2	Q6VAB6	950 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	STYK1	Q6J9G0	422 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	MASTL	Q96GX5	879 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	FLII	Q13045	1269 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	27.71	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	MYD88	Q99836	296 aa		27.71	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	NPR1	P16066	1061 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	CRY2	Q49AN0	593 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	ADCY9	O60503	1353 aa		27.7	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	CACNA1F	O60840	1977 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	YY1	P25490	414 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	CNKSR1	Q969H4	720 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	CHD4	Q14839	1912 aa		27.69	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	SYNE4	Q8N205	404 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	ZNF428	Q96B54	188 aa		27.68	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	NLRP3	Q96P20	1036 aa		27.66	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	FAM89A	Q96GI7	184 aa		27.65	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	27.64	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
NME3-210	ENST00000567271	IGKV5-2	P06315	115 aa		27.63	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	ALDH1B1	P30837	517 aa		27.63	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		27.63	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		27.62	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	C21orf2	O43822	256 aa		27.61	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		27.61	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	SLX4	Q8IY92	1834 aa		27.61	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	27.6	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		27.6	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	27.6	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		27.59	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	27.59	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		27.59	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		27.58	■■■□□ 2.01
NME3-210	ENST00000567271		F6X3S4	739 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	LINS1	Q8NG48	757 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	CACNA1S	Q13698	1873 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	NFKBIE	O00221	500 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	SOGA3	Q5TF21	947 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	RASSF7	Q02833	373 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	LAMB2	P55268	1798 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	GCKR	Q14397	625 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	BEND3	Q5T5X7	828 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	ABCC4	O15439	1325 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	OLFM4	Q6UX06	510 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-210	ENST00000567271	PTPRC	P08575	1304 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271		H7C1W4	665 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	CCDC93	Q567U6	631 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	27.51	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	PDE8A	O60658	829 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	PRELP	P51888	382 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	27.49	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	BBOX1	O75936	387 aa		27.49	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	27.49	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	27.49	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		27.49	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	LMNB1	P20700	586 aa		27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	GRAP	Q13588	217 aa		27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	27.48	■■□□□ 1.99
NME3-210	ENST00000567271	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		27.48	■■□□□ 1.99

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