RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496298.5

USP40-217, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 665 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-217ENST00000496298 NUP98P52948 1817 aa25.46■■□□□ 1.67
USP40-217ENST00000496298 COL11A2P13942 1736 aaPredicted RBP25.46■■□□□ 1.67
USP40-217ENST00000496298 GPBP1L1Q9HC44 474 aaPredicted RBP25.45■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 ERVV-1B6SEH8 477 aa25.44■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 CHL1O00533 1208 aa25.44■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 NEUROD2Q15784 382 aa25.44■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 HLFQ16534 295 aa25.43■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 CCDC24Q8N4L8 307 aa25.43■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 ST5P78524 1137 aa25.42■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 MAP3K15Q6ZN16 1313 aa25.41■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 C9orf131Q5VYM1 1079 aa25.41■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP25.41■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 NIP7Q9Y221 180 aaKnown RBP eCLIP25.41■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 PDIA6Q15084 440 aa25.4■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 TPTE2Q6XPS3 522 aa25.4■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 TTLL7Q6ZT98 887 aa25.4■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 LRP10Q7Z4F1 713 aa25.4■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 KLRG2A4D1S0 409 aaPredicted RBP25.39■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 SRGNP10124 158 aa25.39■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 MYL6BP14649 208 aa25.39■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 NGEFQ8N5V2 710 aa25.39■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 ZNF526Q8TF50 670 aaPredicted RBP25.39■■□□□ 1.66
USP40-217ENST00000496298 ARFGEF2Q9Y6D5 1785 aa25.39■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP25.38■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 NPHP1O15259 732 aa25.38■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 STYK1Q6J9G0 422 aa25.38■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP25.38■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 KIF6Q6ZMV9 814 aa25.37■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 SLX4Q8IY92 1834 aa25.37■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa25.36■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 FER1L6Q2WGJ9 1857 aa25.36■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 EIF2S2P20042 333 aaKnown RBP25.35■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 CNKSR1Q969H4 720 aa25.35■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 MASTLQ96GX5 879 aa25.35■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 CFAP44Q96MT7 982 aa25.35■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 RNF181Q9P0P0 153 aa25.35■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 APAF1O14727 1248 aa25.34■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 KIF3CO14782 793 aa25.34■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 CACNA1SQ13698 1873 aa25.34■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 NFKBIEO00221 500 aa25.33■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 PRELPP51888 382 aa25.33■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 RASSF7Q02833 373 aa25.33■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 GIGYF2Q6Y7W6 1299 aaKnown RBP25.33■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 ZNF34Q8IZ26 560 aa25.33■■□□□ 1.65
USP40-217ENST00000496298 IBTKQ9P2D0 1353 aaPredicted RBP25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 ZNF853P0CG23 659 aa25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 LMNB1P20700 586 aa25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 PROSER3Q2NL68 480 aa25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 CCDC184Q52MB2 194 aa25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 NYXQ9GZU5 481 aa25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 ZBTB3Q9H5J0 574 aa25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 ZC3H4Q9UPT8 1303 aaKnown RBP25.32■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 C21orf2O43822 256 aa25.31■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 HOXB7P09629 217 aa25.31■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 NPR1P16066 1061 aa25.31■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 KRT24Q2M2I5 525 aa25.31■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP25.31■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 PRPF40BQ6NWY9 871 aaKnown RBP25.3■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP25.3■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 UBN2Q6ZU65 1347 aa25.3■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 DICER1Q9UPY3 1922 aaKnown RBP25.29■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 RIC1Q4ADV7 1423 aa25.29■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 FAM177BA6PVY3 158 aa25.29■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 C7orf43Q8WVR3 580 aa25.29■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 LTBP3Q9NS15 1303 aa25.29■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 ANXA1P04083 346 aa25.28■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 TNRC6CQ9HCJ0 1690 aaKnown RBP25.28■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 ANKRD36CQ5JPF3 1778 aa25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 CRY2Q49AN0 593 aa25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 SOGA3Q5TF21 947 aa25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 SUSD4Q5VX71 490 aa25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 MBIPQ9NS73 344 aa25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 IFT57Q9NWB7 429 aa25.27■■□□□ 1.64
USP40-217ENST00000496298 GPTP24298 496 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 PARP10Q53GL7 1025 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 COPS6Q7L5N1 327 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 NECTIN2Q92692 538 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 NMRK2Q9NPI5 230 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 KDM2BQ8NHM5 1336 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 ABCC12Q96J65 1359 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 TIAM2Q8IVF5 1701 aa25.26■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 NTSR2O95665 410 aa25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 GNAI1P63096 354 aa25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 ERFEQ4G0M1 354 aa25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 NUTM1Q86Y26 1132 aa25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 XAGE3Q8WTP9 111 aa25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP25.25■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa25.24■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 ALDH1B1P30837 517 aa25.23■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 DUSP27Q5VZP5 1158 aa25.23■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 PPP1R42Q7Z4L9 355 aa25.23■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 CHPF2Q9P2E5 772 aa25.23■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 ANP32CO43423 234 aa25.22■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 TOMM70O94826 608 aa25.22■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP25.22■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 TAOK3Q9H2K8 898 aa25.22■■□□□ 1.63
USP40-217ENST00000496298 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 62.2 ms