RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	IFT57	Q9NWB7	429 aa		31.27	■■■□□ 2.6
CPNE1-223	ENST00000475146	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	31.27	■■■□□ 2.6
CPNE1-223	ENST00000475146	HLF	Q16534	295 aa		31.26	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		31.26	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		31.26	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	31.26	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		31.25	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	GNAI1	P63096	354 aa		31.25	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	ANXA1	P04083	346 aa		31.24	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF853	P0CG23	659 aa		31.24	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	31.24	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	31.24	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		31.23	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	ST5	P78524	1137 aa		31.23	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	PDIA6	Q15084	440 aa		31.23	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	PROSER3	Q2NL68	480 aa		31.23	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		31.23	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		31.23	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXB7	P09629	217 aa		31.21	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		31.21	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		31.21	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		31.21	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	UTRN	P46939	3433 aa		31.21	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM177B	A6PVY3	158 aa		31.2	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146		H0YIN7	160 aa		31.2	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC27	Q2M243	656 aa		31.2	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		31.2	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	31.2	■■■□□ 2.59
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		31.2	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	PDE6B	P35913	854 aa		31.19	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		31.19	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		31.18	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	WWC1	Q8IX03	1113 aa		31.18	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	31.18	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	31.18	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		31.17	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		31.17	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	NUP98	P52948	1817 aa		31.17	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		31.17	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP10D	Q9P241	1426 aa		31.16	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	31.16	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		31.16	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		31.16	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	GPT	P24298	496 aa		31.15	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		31.15	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	31.15	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	31.14	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	31.14	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	COPS6	Q7L5N1	327 aa		31.14	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	TTLL6	Q8N841	843 aa		31.14	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	31.14	■■■□□ 2.58
CPNE1-223	ENST00000475146	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	31.13	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	31.12	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	31.12	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	31.12	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	31.11	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	NYX	Q9GZU5	481 aa		31.11	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		31.1	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		31.09	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	IL16	Q14005	1332 aa		31.08	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		31.08	■■■□□ 2.57
CPNE1-223	ENST00000475146	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		31.07	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	HYPK	Q9NX55	129 aa		31.07	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SRGN	P10124	158 aa		31.06	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		31.06	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SUSD4	Q5VX71	490 aa		31.06	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	STYK1	Q6J9G0	422 aa		31.06	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ADCY9	O60503	1353 aa		31.05	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCC12	Q96J65	1359 aa		31.05	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	31.05	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PARP10	Q53GL7	1025 aa		31.05	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MASTL	Q96GX5	879 aa		31.05	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ERFE	Q4G0M1	354 aa		31.04	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CNKSR1	Q969H4	720 aa		31.04	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		31.03	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR63	Q8IWG1	891 aa		31.03	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TSPYL6	Q8N831	410 aa		31.03	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	31.03	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		31.02	■■■□□ 2.56
CPNE1-223	ENST00000475146	NTSR2	O95665	410 aa		31.01	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	NPR1	P16066	1061 aa		31.01	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		31.01	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		31.01	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		31.01	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	TCIRG1	Q13488	830 aa		31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	31	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		30.99	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	C21orf2	O43822	256 aa		30.99	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	RASSF7	Q02833	373 aa		30.99	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	30.99	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	CACNA1S	Q13698	1873 aa		30.99	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	GOLGA2	Q08379	1002 aa		30.97	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	30.97	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	NLRP10	Q86W26	655 aa		30.97	■■■□□ 2.55
CPNE1-223	ENST00000475146	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	30.97	■■■□□ 2.55

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