RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	SLC4A2	P04920	1241 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	EVX2	Q03828	476 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	SYT17	Q9BSW7	474 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	SLC39A6	Q13433	755 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	RUNDC1	Q96C34	613 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	BCL11A	Q9H165	835 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	RIPK4	P57078	832 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	MSL1	Q68DK7	614 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	MCM10	Q7L590	875 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	GRIN3B	O60391	1043 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	11.33	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	GPR162	Q16538	588 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	MMP10	P09238	476 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	COL15A1	P39059	1388 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	NARF	Q9UHQ1	456 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	RGL2	O15211	777 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	NPHP1	O15259	732 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	GYS1	P13807	737 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	TGFB2	P61812	414 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ERBB4	Q15303	1308 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	DCTN1	Q14203	1278 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	MRS2	Q9HD23	443 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	NEUROD2	Q15784	382 aa		11.28	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		11.28	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		11.28	□□□□□ -0.6
USP3-208	ENST00000558285	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		11.27	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	UBR2	Q8IWV8	1755 aa		11.27	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	TJP1	Q07157	1748 aa		11.27	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	NGEF	Q8N5V2	710 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	YY1	P25490	414 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	SETDB2	Q96T68	719 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	11.26	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	GNAI1	P63096	354 aa		11.25	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		11.25	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		11.25	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	HOXB7	P09629	217 aa		11.24	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	ST5	P78524	1137 aa		11.24	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	KCNQ3	O43525	872 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	A1BG	P04217	495 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	CFAP44	Q96MT7	982 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	USP16	Q9Y5T5	823 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	APAF1	O14727	1248 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	PDE6B	P35913	854 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	POLA2	Q14181	598 aa		11.23	□□□□□ -0.61
USP3-208	ENST00000558285	SMIM5	Q71RC9	77 aa		11.23	□□□□□ -0.61

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48.6 ms