Protein–RNA interactions for Protein: Q9QZS0

Col4a3, Collagen alpha-3(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a3Q9QZS0 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC42.78■■■■■ 4.44
Col4a3Q9QZS0 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC39.61■■■■□ 3.93
Col4a3Q9QZS0 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.8■■■■□ 3.8
Col4a3Q9QZS0 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC37.39■■■■□ 3.58
Col4a3Q9QZS0 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC37.21■■■■□ 3.55
Col4a3Q9QZS0 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
Col4a3Q9QZS0 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC36.76■■■■□ 3.47
Col4a3Q9QZS0 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
Col4a3Q9QZS0 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Col4a3Q9QZS0 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
Col4a3Q9QZS0 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.32
Col4a3Q9QZS0 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Col4a3Q9QZS0 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
Col4a3Q9QZS0 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Col4a3Q9QZS0 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
Col4a3Q9QZS0 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
Col4a3Q9QZS0 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC34.75■■■■□ 3.15
Col4a3Q9QZS0 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC34.57■■■■□ 3.13
Col4a3Q9QZS0 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
Col4a3Q9QZS0 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
Col4a3Q9QZS0 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
Col4a3Q9QZS0 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC34.35■■■■□ 3.09
Col4a3Q9QZS0 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Col4a3Q9QZS0 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Col4a3Q9QZS0 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
Col4a3Q9QZS0 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
Col4a3Q9QZS0 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Col4a3Q9QZS0 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Col4a3Q9QZS0 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
Col4a3Q9QZS0 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
Col4a3Q9QZS0 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Col4a3Q9QZS0 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Col4a3Q9QZS0 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Col4a3Q9QZS0 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC33.8■■■■□ 3
Col4a3Q9QZS0 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
Col4a3Q9QZS0 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
Col4a3Q9QZS0 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
Col4a3Q9QZS0 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
Col4a3Q9QZS0 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Col4a3Q9QZS0 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
Col4a3Q9QZS0 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Col4a3Q9QZS0 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Col4a3Q9QZS0 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Col4a3Q9QZS0 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Col4a3Q9QZS0 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Col4a3Q9QZS0 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Col4a3Q9QZS0 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Col4a3Q9QZS0 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Col4a3Q9QZS0 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC32.77■■■□□ 2.84
Col4a3Q9QZS0 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
Col4a3Q9QZS0 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
Col4a3Q9QZS0 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
Col4a3Q9QZS0 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
Col4a3Q9QZS0 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
Col4a3Q9QZS0 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
Col4a3Q9QZS0 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
Col4a3Q9QZS0 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Col4a3Q9QZS0 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
Col4a3Q9QZS0 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
Col4a3Q9QZS0 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
Col4a3Q9QZS0 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
Col4a3Q9QZS0 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
Col4a3Q9QZS0 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
Col4a3Q9QZS0 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
Col4a3Q9QZS0 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
Col4a3Q9QZS0 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC31.95■■■□□ 2.7
Col4a3Q9QZS0 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC31.93■■■□□ 2.7
Col4a3Q9QZS0 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
Col4a3Q9QZS0 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
Col4a3Q9QZS0 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
Col4a3Q9QZS0 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
Col4a3Q9QZS0 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
Col4a3Q9QZS0 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
Col4a3Q9QZS0 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
Col4a3Q9QZS0 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
Col4a3Q9QZS0 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC31.78■■■□□ 2.68
Col4a3Q9QZS0 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31.76■■■□□ 2.67
Col4a3Q9QZS0 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
Col4a3Q9QZS0 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
Col4a3Q9QZS0 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
Col4a3Q9QZS0 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
Col4a3Q9QZS0 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
Col4a3Q9QZS0 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC31.64■■■□□ 2.66
Col4a3Q9QZS0 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC31.61■■■□□ 2.65
Col4a3Q9QZS0 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
Col4a3Q9QZS0 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
Col4a3Q9QZS0 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
Col4a3Q9QZS0 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
Col4a3Q9QZS0 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
Col4a3Q9QZS0 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
Col4a3Q9QZS0 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
Col4a3Q9QZS0 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
Col4a3Q9QZS0 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
Col4a3Q9QZS0 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
Col4a3Q9QZS0 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
Col4a3Q9QZS0 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
Col4a3Q9QZS0 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
Col4a3Q9QZS0 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
Col4a3Q9QZS0 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
Col4a3Q9QZS0 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.4 ms