Protein–RNA interactions for Protein: Q3UHX8

Nkx6-3, Homeobox protein Nkx-6.3, mousemouse

Predictions only

Length 262 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx6-3Q3UHX8 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
Nkx6-3Q3UHX8 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Nkx6-3Q3UHX8 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Nkx6-3Q3UHX8 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
Nkx6-3Q3UHX8 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
Nkx6-3Q3UHX8 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
Nkx6-3Q3UHX8 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
Nkx6-3Q3UHX8 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
Nkx6-3Q3UHX8 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
Nkx6-3Q3UHX8 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
Nkx6-3Q3UHX8 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Nkx6-3Q3UHX8 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Nkx6-3Q3UHX8 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
Nkx6-3Q3UHX8 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Nkx6-3Q3UHX8 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Nkx6-3Q3UHX8 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
Nkx6-3Q3UHX8 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
Nkx6-3Q3UHX8 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Nkx6-3Q3UHX8 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Nkx6-3Q3UHX8 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Nkx6-3Q3UHX8 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Nkx6-3Q3UHX8 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Nkx6-3Q3UHX8 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Nkx6-3Q3UHX8 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Nkx6-3Q3UHX8 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Nkx6-3Q3UHX8 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.28
Nkx6-3Q3UHX8 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
Nkx6-3Q3UHX8 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Nkx6-3Q3UHX8 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
Nkx6-3Q3UHX8 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Nkx6-3Q3UHX8 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Nkx6-3Q3UHX8 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Nkx6-3Q3UHX8 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Nkx6-3Q3UHX8 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Nkx6-3Q3UHX8 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Nkx6-3Q3UHX8 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Nkx6-3Q3UHX8 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Nkx6-3Q3UHX8 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Nkx6-3Q3UHX8 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Nkx6-3Q3UHX8 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Nkx6-3Q3UHX8 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Nkx6-3Q3UHX8 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Nkx6-3Q3UHX8 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Nkx6-3Q3UHX8 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Nkx6-3Q3UHX8 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Nkx6-3Q3UHX8 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Nkx6-3Q3UHX8 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Nkx6-3Q3UHX8 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Nkx6-3Q3UHX8 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Nkx6-3Q3UHX8 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Nkx6-3Q3UHX8 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Nkx6-3Q3UHX8 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
Nkx6-3Q3UHX8 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Nkx6-3Q3UHX8 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Nkx6-3Q3UHX8 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Nkx6-3Q3UHX8 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Nkx6-3Q3UHX8 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Nkx6-3Q3UHX8 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Nkx6-3Q3UHX8 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Nkx6-3Q3UHX8 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Nkx6-3Q3UHX8 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Nkx6-3Q3UHX8 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
Nkx6-3Q3UHX8 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Nkx6-3Q3UHX8 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Nkx6-3Q3UHX8 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Nkx6-3Q3UHX8 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Nkx6-3Q3UHX8 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Nkx6-3Q3UHX8 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Nkx6-3Q3UHX8 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Nkx6-3Q3UHX8 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Nkx6-3Q3UHX8 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Nkx6-3Q3UHX8 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Nkx6-3Q3UHX8 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Nkx6-3Q3UHX8 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
Nkx6-3Q3UHX8 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Nkx6-3Q3UHX8 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Nkx6-3Q3UHX8 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
Nkx6-3Q3UHX8 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Nkx6-3Q3UHX8 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Nkx6-3Q3UHX8 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Nkx6-3Q3UHX8 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Nkx6-3Q3UHX8 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Nkx6-3Q3UHX8 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Nkx6-3Q3UHX8 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
Nkx6-3Q3UHX8 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Nkx6-3Q3UHX8 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Nkx6-3Q3UHX8 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Nkx6-3Q3UHX8 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Nkx6-3Q3UHX8 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Nkx6-3Q3UHX8 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Nkx6-3Q3UHX8 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Nkx6-3Q3UHX8 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Nkx6-3Q3UHX8 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Nkx6-3Q3UHX8 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Nkx6-3Q3UHX8 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Nkx6-3Q3UHX8 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Nkx6-3Q3UHX8 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Nkx6-3Q3UHX8 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Nkx6-3Q3UHX8 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Nkx6-3Q3UHX8 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 96 ms