Protein–RNA interactions for Protein: Q02788

Col6a2, Collagen alpha-2(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,034 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a2Q02788 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC38.14■■■■□ 3.7
Col6a2Q02788 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Col6a2Q02788 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
Col6a2Q02788 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
Col6a2Q02788 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
Col6a2Q02788 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
Col6a2Q02788 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Col6a2Q02788 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
Col6a2Q02788 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
Col6a2Q02788 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
Col6a2Q02788 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
Col6a2Q02788 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
Col6a2Q02788 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC31.87■■■□□ 2.69
Col6a2Q02788 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
Col6a2Q02788 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
Col6a2Q02788 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
Col6a2Q02788 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
Col6a2Q02788 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
Col6a2Q02788 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
Col6a2Q02788 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC30.85■■■□□ 2.53
Col6a2Q02788 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
Col6a2Q02788 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
Col6a2Q02788 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Col6a2Q02788 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Col6a2Q02788 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Col6a2Q02788 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
Col6a2Q02788 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
Col6a2Q02788 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC30.57■■■□□ 2.48
Col6a2Q02788 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
Col6a2Q02788 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col6a2Q02788 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
Col6a2Q02788 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Col6a2Q02788 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Col6a2Q02788 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Col6a2Q02788 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
Col6a2Q02788 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
Col6a2Q02788 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
Col6a2Q02788 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Col6a2Q02788 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Col6a2Q02788 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Col6a2Q02788 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Col6a2Q02788 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Col6a2Q02788 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Col6a2Q02788 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Col6a2Q02788 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
Col6a2Q02788 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Col6a2Q02788 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col6a2Q02788 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col6a2Q02788 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Col6a2Q02788 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
Col6a2Q02788 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Col6a2Q02788 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Col6a2Q02788 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col6a2Q02788 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Col6a2Q02788 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Col6a2Q02788 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Col6a2Q02788 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Col6a2Q02788 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Col6a2Q02788 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Col6a2Q02788 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col6a2Q02788 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Col6a2Q02788 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Col6a2Q02788 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Col6a2Q02788 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col6a2Q02788 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Col6a2Q02788 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col6a2Q02788 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Col6a2Q02788 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col6a2Q02788 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
Col6a2Q02788 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
Col6a2Q02788 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Col6a2Q02788 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col6a2Q02788 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col6a2Q02788 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col6a2Q02788 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col6a2Q02788 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col6a2Q02788 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col6a2Q02788 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col6a2Q02788 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Col6a2Q02788 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col6a2Q02788 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Col6a2Q02788 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Col6a2Q02788 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col6a2Q02788 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col6a2Q02788 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col6a2Q02788 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col6a2Q02788 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col6a2Q02788 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col6a2Q02788 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col6a2Q02788 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col6a2Q02788 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col6a2Q02788 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col6a2Q02788 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col6a2Q02788 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.6 ms