Protein–RNA interactions for Protein: P09027

Hoxd3, Homeobox protein Hox-D3, mousemouse

Predictions only

Length 433 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd3P09027 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Hoxd3P09027 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Hoxd3P09027 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Hoxd3P09027 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
Hoxd3P09027 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Hoxd3P09027 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
Hoxd3P09027 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Hoxd3P09027 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Hoxd3P09027 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Hoxd3P09027 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Hoxd3P09027 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Hoxd3P09027 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Hoxd3P09027 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
Hoxd3P09027 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Hoxd3P09027 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Hoxd3P09027 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Hoxd3P09027 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Hoxd3P09027 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Hoxd3P09027 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Hoxd3P09027 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Hoxd3P09027 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Hoxd3P09027 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
Hoxd3P09027 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Hoxd3P09027 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Hoxd3P09027 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Hoxd3P09027 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Hoxd3P09027 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
Hoxd3P09027 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Hoxd3P09027 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Hoxd3P09027 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Hoxd3P09027 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Hoxd3P09027 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Hoxd3P09027 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Hoxd3P09027 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Hoxd3P09027 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Hoxd3P09027 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Hoxd3P09027 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Hoxd3P09027 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Hoxd3P09027 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Hoxd3P09027 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Hoxd3P09027 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Hoxd3P09027 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Hoxd3P09027 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Hoxd3P09027 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Hoxd3P09027 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Hoxd3P09027 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Hoxd3P09027 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Hoxd3P09027 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Hoxd3P09027 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Hoxd3P09027 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Hoxd3P09027 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Hoxd3P09027 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Hoxd3P09027 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Hoxd3P09027 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Hoxd3P09027 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Hoxd3P09027 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Hoxd3P09027 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Hoxd3P09027 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Hoxd3P09027 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Hoxd3P09027 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Hoxd3P09027 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Hoxd3P09027 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Hoxd3P09027 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Hoxd3P09027 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Hoxd3P09027 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Hoxd3P09027 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Hoxd3P09027 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Hoxd3P09027 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Hoxd3P09027 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Hoxd3P09027 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Hoxd3P09027 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hoxd3P09027 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hoxd3P09027 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hoxd3P09027 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Hoxd3P09027 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hoxd3P09027 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hoxd3P09027 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd3P09027 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd3P09027 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Hoxd3P09027 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Hoxd3P09027 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Hoxd3P09027 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Hoxd3P09027 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Hoxd3P09027 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Hoxd3P09027 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Hoxd3P09027 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Hoxd3P09027 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Hoxd3P09027 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Hoxd3P09027 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Hoxd3P09027 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Hoxd3P09027 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Hoxd3P09027 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Hoxd3P09027 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Hoxd3P09027 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
Hoxd3P09027 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Hoxd3P09027 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Hoxd3P09027 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Hoxd3P09027 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Hoxd3P09027 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Hoxd3P09027 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.2 ms