Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
Lmx1bO88609 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
Lmx1bO88609 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
Lmx1bO88609 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Lmx1bO88609 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
Lmx1bO88609 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
Lmx1bO88609 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
Lmx1bO88609 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Lmx1bO88609 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Lmx1bO88609 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Lmx1bO88609 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Lmx1bO88609 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Lmx1bO88609 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
Lmx1bO88609 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Lmx1bO88609 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Lmx1bO88609 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Lmx1bO88609 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Lmx1bO88609 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
Lmx1bO88609 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
Lmx1bO88609 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Lmx1bO88609 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Lmx1bO88609 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Lmx1bO88609 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Lmx1bO88609 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Lmx1bO88609 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Lmx1bO88609 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Lmx1bO88609 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Lmx1bO88609 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Lmx1bO88609 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Lmx1bO88609 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Lmx1bO88609 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Lmx1bO88609 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Lmx1bO88609 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Lmx1bO88609 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Lmx1bO88609 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
Lmx1bO88609 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Lmx1bO88609 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Lmx1bO88609 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Lmx1bO88609 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Lmx1bO88609 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Lmx1bO88609 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Lmx1bO88609 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Lmx1bO88609 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
Lmx1bO88609 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Lmx1bO88609 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Lmx1bO88609 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Lmx1bO88609 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Lmx1bO88609 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Lmx1bO88609 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Lmx1bO88609 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Lmx1bO88609 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
Lmx1bO88609 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Lmx1bO88609 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Lmx1bO88609 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Lmx1bO88609 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
Lmx1bO88609 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Lmx1bO88609 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Lmx1bO88609 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Lmx1bO88609 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Lmx1bO88609 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Lmx1bO88609 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Lmx1bO88609 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Lmx1bO88609 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Lmx1bO88609 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Lmx1bO88609 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Lmx1bO88609 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
Lmx1bO88609 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
Lmx1bO88609 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Lmx1bO88609 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Lmx1bO88609 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Lmx1bO88609 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Lmx1bO88609 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Lmx1bO88609 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Lmx1bO88609 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
Lmx1bO88609 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Lmx1bO88609 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Lmx1bO88609 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Lmx1bO88609 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Lmx1bO88609 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Lmx1bO88609 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
Lmx1bO88609 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1bO88609 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1bO88609 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1bO88609 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Lmx1bO88609 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Lmx1bO88609 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1bO88609 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Lmx1bO88609 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.4 ms