Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SNORA40B-201ENST00000385573 128 ntBASIC1.08□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU6-930P-201ENST00000390938 100 ntBASIC1.08□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 MIR5000-201ENST00000577717 103 ntBASIC1.08□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 AL353765.1-201ENST00000605514 183 ntBASIC1.08□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU6-246P-201ENST00000384702 107 ntBASIC1.07□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU6-172P-201ENST00000411000 93 ntBASIC1.07□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 ACA64.5-201ENST00000516207 127 ntBASIC1.07□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU6-175P-201ENST00000516896 107 ntBASIC1.07□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU7-188P-201ENST00000517063 64 ntBASIC1.07□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 SNORA25.18-201ENST00000607153 114 ntBASIC1.07□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 MIR548F3-201ENST00000408509 87 ntBASIC1.06□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 MIR4698-201ENST00000577795 80 ntBASIC1.06□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 MIR4490-201ENST00000582647 84 ntBASIC1.06□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 SNORA36.2-201ENST00000384004 127 ntBASIC1.05□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 AC092892.1-201ENST00000496067 327 ntTSL 5 BASIC1.05□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 MIR4661-201ENST00000582720 75 ntBASIC1.05□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 SNORD114-29-201ENST00000364819 70 ntBASIC1.04□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 CPEB3_ribozyme.1-201ENST00000408115 78 ntBASIC1.04□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU6-351P-201ENST00000516097 100 ntBASIC1.04□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 RNU7-154P-201ENST00000516194 62 ntBASIC1.04□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 SNORD118-201ENST00000363593 134 ntBASIC1.03□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 MIRLET7B-201ENST00000385140 83 ntBASIC1.03□□□□□ -2.24
TRIM28Q13263 C9orf84-204ENST00000394777 4955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.03□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 C9orf84-203ENST00000374287 4721 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC1.02□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-502P-201ENST00000362419 108 ntBASIC1.02□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 Y_RNA.423-201ENST00000384057 113 ntBASIC1.02□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RN7SL793P-201ENST00000583259 296 ntBASIC1.02□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 SNORA2A-201ENST00000383885 135 ntBASIC1.01□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-458P-201ENST00000384179 107 ntBASIC1.01□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 SNORD2-201ENST00000459163 69 ntBASIC1.01□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU4-54P-201ENST00000516428 129 ntBASIC1.01□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-229P-201ENST00000516614 102 ntBASIC1.01□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 U6.58-201ENST00000613107 107 ntBASIC1.01□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 MIR140-201ENST00000385282 100 ntBASIC1□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-782P-201ENST00000516852 104 ntBASIC1□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 MIR4677-201ENST00000584153 80 ntBASIC1□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 CCDC7-215ENST00000639629 4158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC1□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-1036P-201ENST00000383959 104 ntBASIC0.99□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 MIR216A-201ENST00000385063 110 ntBASIC0.99□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNA5SP470-201ENST00000516463 106 ntBASIC0.99□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 MIR6755-201ENST00000619993 66 ntBASIC0.99□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-598P-201ENST00000364017 105 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 MIR579-201ENST00000385221 98 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 MIR501-201ENST00000390204 84 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RN7SL660P-201ENST00000614852 299 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 SNORD114-2-201ENST00000363953 78 ntBASIC0.97□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RPL39P28-201ENST00000465655 155 ntBASIC0.97□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNA5SP436-201ENST00000516020 115 ntBASIC0.97□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 RNU6-419P-201ENST00000517030 63 ntBASIC0.97□□□□□ -2.25
TRIM28Q13263 SYCP2-202ENST00000371001 5479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC0.96□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 RNU6ATAC27P-201ENST00000408289 119 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 SNORA40.8-201ENST00000411034 126 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 U2.18-201ENST00000622185 84 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 RNU6-924P-201ENST00000362926 108 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 RNU6-838P-201ENST00000363399 108 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR545-201ENST00000385085 106 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 U7.6-201ENST00000610841 64 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 C18orf54-201ENST00000300091 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.94□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR3925-201ENST00000584674 77 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 AC084368.1-201ENST00000620935 65 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 G3BP1-214ENST00000627077 114 ntTSL 5 BASIC0.94□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 Y_RNA.178-201ENST00000363832 102 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR608-201ENST00000384820 100 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 RNU7-151P-201ENST00000516930 53 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR4714-201ENST00000580728 77 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 AL353803.5-201ENST00000599815 141 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 HOTAIRM1_3.1-201ENST00000619974 59 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 Y_RNA.30-201ENST00000362572 97 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR518A1-201ENST00000385068 85 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR6835-201ENST00000621552 64 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
TRIM28Q13263 MIR429-201ENST00000362106 83 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR193B-201ENST00000384907 83 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR6866-201ENST00000638146 69 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 SNORD115-23-201ENST00000364461 82 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR760-201ENST00000390220 80 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 Y_RNA.698-201ENST00000516798 118 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR4653-201ENST00000585107 83 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR499B-201ENST00000636498 73 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 AC098934.3-201ENST00000430450 190 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU6-1262P-201ENST00000516217 96 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR1273G-201ENST00000577677 100 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 Y_RNA.69-201ENST00000362885 109 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNA5SP457-201ENST00000363657 124 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU6-848P-201ENST00000515948 107 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU6-617P-201ENST00000516147 107 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU6-473P-201ENST00000516164 107 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU6-1206P-201ENST00000516339 103 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU6-1049P-201ENST00000516414 107 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 AP000676.1-201ENST00000533307 52 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 AL590095.2-201ENST00000604136 117 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR508-201ENST00000384857 115 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR876-201ENST00000401147 81 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 SNORD71-201ENST00000411292 86 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNU7-160P-201ENST00000516660 62 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 RNA5SP128-201ENST00000365305 116 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR6513-201ENST00000621188 64 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 ZNF518A-209ENST00000614149 7911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC0.85□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR146A-201ENST00000385201 99 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 AC008883.1-201ENST00000506562 193 ntTSL 3 BASIC0.84□□□□□ -2.27
TRIM28Q13263 MIR4432-201ENST00000581823 84 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
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