Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 Y_RNA.377-201ENST00000365644 108 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORA8.2-201ENST00000384372 139 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-905P-201ENST00000384434 107 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-75P-201ENST00000515944 104 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.809-201ENST00000516058 95 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-1018P-201ENST00000516577 106 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR5190-201ENST00000581537 80 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORA70.25-201ENST00000612741 95 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP403-201ENST00000363598 108 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-755P-201ENST00000364400 103 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-132P-201ENST00000383863 107 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-49P-201ENST00000384256 107 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR635-201ENST00000384830 98 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP89-201ENST00000410300 108 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AC244505.6-201ENST00000452829 130 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SCARNA23-201ENST00000516060 130 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AC026421.1-201ENST00000519101 163 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR548AI-201ENST00000579940 88 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 U7.3-201ENST00000616123 62 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR6755-201ENST00000619993 66 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 OMD-201ENST00000375550 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.32□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIRLET7F1-201ENST00000362202 87 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-834P-201ENST00000362367 110 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.78-201ENST00000362970 110 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.81-201ENST00000362997 102 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.107-201ENST00000363190 121 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-726P-201ENST00000364680 107 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-571P-201ENST00000384128 107 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-1265P-201ENST00000516342 103 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP268-201ENST00000516828 124 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR3920-201ENST00000581751 86 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AP001318.4-201ENST00000616637 121 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 VPS35-212ENST00000640313 141 ntTSL 5 BASIC0.31□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-766P-201ENST00000362478 107 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORD115-27-201ENST00000364430 82 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.495-201ENST00000384435 112 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-269P-201ENST00000391077 97 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR1302-5-201ENST00000408164 150 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6ATAC41P-201ENST00000408600 126 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.601-201ENST00000410500 113 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AL031737.1-201ENST00000450125 223 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-267P-201ENST00000516714 103 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR548H5-201ENST00000580314 60 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AC092634.7-201ENST00000621022 103 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 TRDV1-202ENST00000621643 102 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-1260P-201ENST00000362944 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORD118-201ENST00000363593 134 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-1131P-201ENST00000364955 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.423-201ENST00000384057 113 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-813P-201ENST00000384691 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP292-201ENST00000390974 118 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-1254P-201ENST00000391266 104 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MTATP8P2-201ENST00000435212 202 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-863P-201ENST00000515989 104 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP227-201ENST00000516184 113 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-412P-201ENST00000516434 106 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SCARNA16.5-201ENST00000517114 183 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AC138869.1-201ENST00000568623 124 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 ST7-OT3_3.1-201ENST00000611709 115 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR6828-201ENST00000636181 60 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORD44.1-201ENST00000363202 61 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU4-36P-201ENST00000364294 144 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.283-201ENST00000364798 112 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR518A1-201ENST00000385068 85 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.609-201ENST00000410669 89 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 AC097635.1-201ENST00000450678 155 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP484-201ENST00000458857 111 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-168P-201ENST00000516189 101 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-287P-201ENST00000516230 98 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU7-153P-201ENST00000516455 62 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR3140-201ENST00000583685 90 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 MIR4639-201ENST00000584938 69 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 HOTAIR_3.1-201ENST00000611352 97 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORD45B-201ENST00000364617 72 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-1327P-201ENST00000365302 105 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 SNORD58A-201ENST00000383875 65 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 SNORA2A-201ENST00000383885 135 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-815P-201ENST00000384080 113 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-243P-201ENST00000391140 107 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-1052P-201ENST00000411398 104 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-719P-201ENST00000516671 104 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 AC096720.1-201ENST00000604441 183 ntBASIC0.27□□□□□ -2.37
SHHQ15465 MIRLET7D-201ENST00000362263 87 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-1298P-201ENST00000362456 101 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 Y_RNA.174-201ENST00000363781 105 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 Y_RNA.207-201ENST00000364142 106 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 SNORD38.2-201ENST00000384470 69 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
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SHHQ15465 MIR519A1-201ENST00000385257 85 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 SNORD4B-201ENST00000459083 72 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-469P-201ENST00000516253 101 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 MIR4696-201ENST00000581431 70 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 ZNRD1-AS1_1.6-201ENST00000610339 68 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 MIR499B-201ENST00000636498 73 ntBASIC0.26□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU4-32P-201ENST00000363404 141 ntBASIC0.25□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-1126P-201ENST00000384002 107 ntBASIC0.25□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNU6-887P-201ENST00000410660 100 ntBASIC0.25□□□□□ -2.37
SHHQ15465 SNORA40.8-201ENST00000411034 126 ntBASIC0.25□□□□□ -2.37
SHHQ15465 MIR2113-201ENST00000459007 91 ntBASIC0.25□□□□□ -2.37
SHHQ15465 RNA5SP134-201ENST00000516492 96 ntBASIC0.25□□□□□ -2.37
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