Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNY1P2-201ENST00000364820 117 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR92A1-201ENST00000385233 78 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MT-TN-201ENST00000387400 73 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-679P-201ENST00000391003 106 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD93-201ENST00000408813 74 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNA5SP237-201ENST00000410414 113 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-994P-201ENST00000410507 111 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU7-56P-201ENST00000458744 62 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU7-102P-201ENST00000458948 62 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-521P-201ENST00000516663 105 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-531P-201ENST00000516694 104 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR3152-201ENST00000579801 74 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR376B-201ENST00000614515 100 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC067863.3-201ENST00000624172 122 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 LMBR1-222ENST00000638959 93 ntTSL 5 BASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 CEP290-203ENST00000547691 5968 ntTSL 1 (best) BASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR377-201ENST00000362145 69 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNA5SP133-201ENST00000363368 119 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 Y_RNA.198-201ENST00000364013 98 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNA5SP205-201ENST00000364653 136 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-949P-201ENST00000384040 107 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORA72.6-201ENST00000384520 129 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD20-201ENST00000384550 80 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR520F-201ENST00000384824 87 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR548D2-201ENST00000384955 97 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR520H-201ENST00000385126 88 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR1827-201ENST00000408549 66 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD99-201ENST00000408612 74 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 BX276092.1-201ENST00000427368 251 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC023932.2-201ENST00000603176 175 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC091304.10-201ENST00000641554 121 ntBASIC0.51□□□□□ -2.33
SHHQ15465 Y_RNA.42-201ENST00000362660 108 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR539-201ENST00000365690 78 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR125B2-201ENST00000385128 89 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR759-201ENST00000390224 91 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD111-201ENST00000408139 94 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU4-83P-201ENST00000410863 133 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU7-156P-201ENST00000517214 74 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC007012.1-201ENST00000567192 175 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC090897.1-201ENST00000580909 226 ntBASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC090616.3-202ENST00000583346 205 ntTSL 2 BASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 NFIA-AS1-206ENST00000630199 220 ntTSL 5 BASIC0.5□□□□□ -2.33
SHHQ15465 Y_RNA.32-201ENST00000362589 110 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-1117P-201ENST00000384525 104 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR644A-201ENST00000385262 94 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR548A3-201ENST00000385297 97 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6ATAC4P-201ENST00000387446 126 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU2-51P-201ENST00000410708 197 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC244098.3-201ENST00000424803 96 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU7-2P-201ENST00000516096 62 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-977P-201ENST00000516411 103 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-1110P-201ENST00000516462 101 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-1006P-201ENST00000516998 103 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 uc_338.28-201ENST00000612082 187 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR6759-201ENST00000638110 65 ntBASIC0.49□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SAMD9-203ENST00000620985 6754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD115-19-201ENST00000363098 82 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD115-18-201ENST00000363293 82 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 Y_RNA.119-201ENST00000363301 96 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD115-17-201ENST00000364612 82 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD115-35-201ENST00000365122 82 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-1144P-201ENST00000384247 104 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-816P-201ENST00000390914 107 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-1268P-201ENST00000391214 107 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-1239P-201ENST00000391310 107 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR1257-201ENST00000408490 117 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AL161932.1-201ENST00000437408 146 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC008267.6-201ENST00000441664 139 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC012668.1-201ENST00000457625 228 ntTSL 3 BASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-109P-201ENST00000516364 107 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-184P-201ENST00000516514 107 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC011195.1-201ENST00000578177 177 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR4500-201ENST00000579472 76 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR6082-201ENST00000613604 109 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 uc_338.17-201ENST00000619633 179 ntBASIC0.48□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR1-1-201ENST00000362147 71 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU4-67P-201ENST00000364569 141 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 U8.6-201ENST00000364939 135 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-44P-201ENST00000384045 107 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD116-21-201ENST00000384507 92 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 Y_RNA.563-201ENST00000384707 108 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-291P-201ENST00000384720 107 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-476P-201ENST00000384726 107 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR577-201ENST00000385196 96 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORD105-201ENST00000386910 85 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNY4P18-201ENST00000391107 89 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-554P-201ENST00000410466 106 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNA5SP261-201ENST00000410536 106 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNA5SP136-201ENST00000410906 107 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU7-106P-201ENST00000459514 67 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-313P-201ENST00000516317 112 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 SNORA31.14-201ENST00000516728 116 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AP003327.1-201ENST00000529684 127 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AC018659.1-201ENST00000551083 169 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR3163-201ENST00000581592 73 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AL670379.3-201ENST00000605040 251 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 AL136317.1-201ENST00000612653 226 ntBASIC0.47□□□□□ -2.33
SHHQ15465 MIR450A1-201ENST00000362262 91 ntBASIC0.46□□□□□ -2.34
SHHQ15465 Y_RNA.291-201ENST00000364886 113 ntBASIC0.46□□□□□ -2.34
SHHQ15465 RNU6-1325P-201ENST00000364905 105 ntBASIC0.46□□□□□ -2.34
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