Protein–RNA interactions for Protein: Q5M6W3

Clhc1, Clathrin heavy chain linker domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 596 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clhc1Q5M6W3 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Clhc1Q5M6W3 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Clhc1Q5M6W3 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Clhc1Q5M6W3 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Clhc1Q5M6W3 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Clhc1Q5M6W3 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Clhc1Q5M6W3 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Clhc1Q5M6W3 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Clhc1Q5M6W3 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Clhc1Q5M6W3 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Clhc1Q5M6W3 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 7.9 ms