Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

Predictions only

Length 892 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Sh3rf1Q69ZI1 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Sh3rf1Q69ZI1 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Sh3rf1Q69ZI1 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sh3rf1Q69ZI1 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Sh3rf1Q69ZI1 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 67.9 ms