Protein–RNA interactions for Protein: Q06148

NEJ1, Non-homologous end-joining protein 1, yeast

Predictions only

Length 342 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NEJ1	Q06148	RPM2	YML091C	3609 nt		-0.51	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	YDL007C-A	YDL007C-A	258 nt		-0.51	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	YOR170W	YOR170W	306 nt		-0.51	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	YOR302W	YOR302W	78 nt		-0.52	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	snR69	snR69	101 nt		-0.53	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	YNL067W-B	YNL067W-B	141 nt		-0.53	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	SEC10	YLR166C	2616 nt		-0.53	□□□□□ -2.49
NEJ1	Q06148	YDR524W-C	YDR524W-C	90 nt		-0.55	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	PAU9	YBL108C-A	129 nt		-0.55	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	snR39B	snR39B	96 nt		-0.55	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	URB1	YKL014C	5295 nt		-0.56	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	tA(UGC)Q	tA(UGC)Q	76 nt		-0.56	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	YOR329W-A	YOR329W-A	210 nt		-0.57	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	YGR146C-A	YGR146C-A	162 nt		-0.58	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	YJL113W	YJL113W	4647 nt		-0.6	□□□□□ -2.5
NEJ1	Q06148	YGL188C-A	YGL188C-A	141 nt		-0.6	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	PMP2	YEL017C-A	132 nt		-0.61	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	YOR231C-A	YOR231C-A	201 nt		-0.61	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	RDS3	YPR094W	324 nt		-0.63	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	snR50	snR50	90 nt		-0.63	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	YER090C-A	YER090C-A	90 nt		-0.64	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	snR52	snR52	92 nt		-0.65	□□□□□ -2.51
NEJ1	Q06148	YNL266W	YNL266W	420 nt		-0.66	□□□□□ -2.52
NEJ1	Q06148	snR80	snR80	171 nt		-0.67	□□□□□ -2.52
NEJ1	Q06148	JLP2	YMR132C	627 nt		-0.7	□□□□□ -2.52
NEJ1	Q06148	snR48	snR48	113 nt		-0.71	□□□□□ -2.52
NEJ1	Q06148	YLR342W-A	YLR342W-A	174 nt		-0.72	□□□□□ -2.52
NEJ1	Q06148	tD(GUC)Q	tD(GUC)Q	75 nt		-0.73	□□□□□ -2.53
NEJ1	Q06148	tL(UAA)Q	tL(UAA)Q	85 nt		-0.75	□□□□□ -2.53
NEJ1	Q06148	YBR178W	YBR178W	375 nt		-0.76	□□□□□ -2.53
NEJ1	Q06148	YNL205C	YNL205C	423 nt		-0.77	□□□□□ -2.53
NEJ1	Q06148	YLR286W-A	YLR286W-A	135 nt		-0.78	□□□□□ -2.53
NEJ1	Q06148	snR33	snR33	183 nt		-0.78	□□□□□ -2.53
NEJ1	Q06148	YHL015W-A	YHL015W-A	84 nt		-0.81	□□□□□ -2.54
NEJ1	Q06148	snR67	snR67	82 nt		-0.82	□□□□□ -2.54
NEJ1	Q06148	YDL159C-B	YDL159C-B	177 nt		-0.82	□□□□□ -2.54
NEJ1	Q06148	YOR102W	YOR102W	351 nt		-0.82	□□□□□ -2.54
NEJ1	Q06148	YHL009W-B	YHL009W-B	5409 nt		-0.86	□□□□□ -2.55
NEJ1	Q06148	SKI7	YOR076C	2244 nt		-0.88	□□□□□ -2.55
NEJ1	Q06148	YDR406W-A	YDR406W-A	246 nt		-0.89	□□□□□ -2.55
NEJ1	Q06148	tT(UGU)G1	tT(UGU)G1	72 nt		-0.9	□□□□□ -2.55
NEJ1	Q06148	tT(UGU)G2	tT(UGU)G2	72 nt		-0.9	□□□□□ -2.55
NEJ1	Q06148	tT(UGU)P	tT(UGU)P	72 nt		-0.9	□□□□□ -2.55
NEJ1	Q06148	snR161	snR161	161 nt		-0.92	□□□□□ -2.56
NEJ1	Q06148	YNL198C	YNL198C	303 nt		-0.94	□□□□□ -2.56
NEJ1	Q06148	YLR299C-A	YLR299C-A	93 nt		-0.96	□□□□□ -2.56
NEJ1	Q06148	YBR196C-A	YBR196C-A	150 nt		-0.96	□□□□□ -2.56
NEJ1	Q06148	Q0142	Q0142	177 nt		-0.99	□□□□□ -2.57
NEJ1	Q06148	YJL150W	YJL150W	303 nt		-0.99	□□□□□ -2.57
NEJ1	Q06148	YBL053W	YBL053W	375 nt		-1.01	□□□□□ -2.57
NEJ1	Q06148	SOM1	YEL059C-A	225 nt		-1.09	□□□□□ -2.58
NEJ1	Q06148	tP(UGG)Q	tP(UGG)Q	72 nt		-1.09	□□□□□ -2.58
NEJ1	Q06148	YML054C-A	YML054C-A	159 nt		-1.09	□□□□□ -2.58
NEJ1	Q06148	YMR046W-A	YMR046W-A	129 nt		-1.13	□□□□□ -2.59
NEJ1	Q06148	SPG3	YDR504C	384 nt		-1.17	□□□□□ -2.6
NEJ1	Q06148	YHR180C-B	YHR180C-B	105 nt		-1.17	□□□□□ -2.6
NEJ1	Q06148	YCR095W-A	YCR095W-A	159 nt		-1.19	□□□□□ -2.6
NEJ1	Q06148	YOR376W-A	YOR376W-A	156 nt		-1.26	□□□□□ -2.61
NEJ1	Q06148	YBR223W-A	YBR223W-A	120 nt		-1.26	□□□□□ -2.61
NEJ1	Q06148	CDC65	tQ(CUG)M	72 nt		-1.28	□□□□□ -2.61
NEJ1	Q06148	snR77	snR77	88 nt		-1.29	□□□□□ -2.62
NEJ1	Q06148	YGR240C-A	YGR240C-A	201 nt		-1.3	□□□□□ -2.62
NEJ1	Q06148	tM(CAU)Q1	tM(CAU)Q1	76 nt		-1.32	□□□□□ -2.62
NEJ1	Q06148	YNR077C	YNR077C	255 nt		-1.35	□□□□□ -2.63
NEJ1	Q06148	YGR151C	YGR151C	336 nt		-1.36	□□□□□ -2.63
NEJ1	Q06148	YLR466C-B	YLR466C-B	117 nt		-1.36	□□□□□ -2.63
NEJ1	Q06148	YKL106C-A	YKL106C-A	120 nt		-1.39	□□□□□ -2.63
NEJ1	Q06148	YOL083C-A	YOL083C-A	141 nt		-1.4	□□□□□ -2.63
NEJ1	Q06148	YCL001W-B	YCL001W-B	255 nt		-1.41	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	YMR315W-A	YMR315W-A	108 nt		-1.42	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	YBR109W-A	YBR109W-A	225 nt		-1.42	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	RPL41A	YDL184C	78 nt		-1.43	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	YBR296C-A	YBR296C-A	120 nt		-1.43	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	YBL071C-B	YBL071C-B	99 nt		-1.44	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	YNL338W	YNL338W	159 nt		-1.44	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	YOR316C-A	YOR316C-A	210 nt		-1.45	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	snR81	snR81	201 nt		-1.47	□□□□□ -2.64
NEJ1	Q06148	tY(GUA)Q	tY(GUA)Q	84 nt		-1.49	□□□□□ -2.65
NEJ1	Q06148	YOL164W-A	YOL164W-A	183 nt		-1.5	□□□□□ -2.65
NEJ1	Q06148	snR38	snR38	95 nt		-1.52	□□□□□ -2.65
NEJ1	Q06148	YAL037C-A	YAL037C-A	93 nt		-1.55	□□□□□ -2.66
NEJ1	Q06148	snR47	snR47	99 nt		-1.58	□□□□□ -2.66
NEJ1	Q06148	YBL100W-C	YBL100W-C	120 nt		-1.64	□□□□□ -2.67
NEJ1	Q06148	YNL337W	YNL337W	255 nt		-1.67	□□□□□ -2.68
NEJ1	Q06148	YOR309C	YOR309C	381 nt		-1.75	□□□□□ -2.69
NEJ1	Q06148	tS(GCU)Q1	tS(GCU)Q1	86 nt		-1.78	□□□□□ -2.69
NEJ1	Q06148	Q0032	Q0032	291 nt		-1.79	□□□□□ -2.7
NEJ1	Q06148	YKL225W	YKL225W	348 nt		-1.82	□□□□□ -2.7
NEJ1	Q06148	YGL007C-A	YGL007C-A	87 nt		-1.84	□□□□□ -2.7
NEJ1	Q06148	YGL041C-B	YGL041C-B	183 nt		-1.88	□□□□□ -2.71
NEJ1	Q06148	snR6	snR6	112 nt		-1.91	□□□□□ -2.72
NEJ1	Q06148	YNL103W-A	YNL103W-A	90 nt		-1.91	□□□□□ -2.72
NEJ1	Q06148	snR61	snR61	90 nt		-1.96	□□□□□ -2.72
NEJ1	Q06148	YDL114W-A	YDL114W-A	114 nt		-1.98	□□□□□ -2.73
NEJ1	Q06148	YOR335W-A	YOR335W-A	81 nt		-1.98	□□□□□ -2.73
NEJ1	Q06148	YDR034C-A	YDR034C-A	177 nt		-1.99	□□□□□ -2.73
NEJ1	Q06148	tV(UAC)Q	tV(UAC)Q	76 nt		-2.02	□□□□□ -2.73
NEJ1	Q06148	RPL41B	YDL133C-A	78 nt		-2.04	□□□□□ -2.74
NEJ1	Q06148	snR73	snR73	106 nt		-2.07	□□□□□ -2.74
NEJ1	Q06148	snR62	snR62	100 nt		-2.1	□□□□□ -2.75

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 23 ms