Protein–RNA interactions for Protein: P48377

Rfx1, MHC class II regulatory factor RFX1, mousemouse

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx1P48377 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
Rfx1P48377 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Rfx1P48377 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Rfx1P48377 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Rfx1P48377 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Rfx1P48377 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Rfx1P48377 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Rfx1P48377 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Rfx1P48377 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Rfx1P48377 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Rfx1P48377 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Rfx1P48377 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Rfx1P48377 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms