Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ccdc3Q9D6Y1 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc3Q9D6Y1 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc3Q9D6Y1 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc3Q9D6Y1 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10 ms