Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Vps28Q9D1C8 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Vps28Q9D1C8 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Vps28Q9D1C8 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Vps28Q9D1C8 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Vps28Q9D1C8 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Vps28Q9D1C8 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Vps28Q9D1C8 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Vps28Q9D1C8 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
Vps28Q9D1C8 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Vps28Q9D1C8 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Vps28Q9D1C8 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Vps28Q9D1C8 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Vps28Q9D1C8 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Vps28Q9D1C8 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Vps28Q9D1C8 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Vps28Q9D1C8 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.7 ms