Protein–RNA interactions for Protein: Q6PDX6

Rnf220, E3 ubiquitin-protein ligase Rnf220, mousemouse

Predictions only

Length 566 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf220Q6PDX6 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Rnf220Q6PDX6 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Rnf220Q6PDX6 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Rnf220Q6PDX6 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf220Q6PDX6 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf220Q6PDX6 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf220Q6PDX6 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Rnf220Q6PDX6 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Rnf220Q6PDX6 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf220Q6PDX6 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Rnf220Q6PDX6 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 255.1 ms