Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim3Q9R1R2 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trim3Q9R1R2 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim3Q9R1R2 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim3Q9R1R2 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trim3Q9R1R2 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Trim3Q9R1R2 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim3Q9R1R2 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trim3Q9R1R2 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trim3Q9R1R2 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Trim3Q9R1R2 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Trim3Q9R1R2 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
Trim3Q9R1R2 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Trim3Q9R1R2 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Trim3Q9R1R2 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Trim3Q9R1R2 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Trim3Q9R1R2 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Trim3Q9R1R2 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Trim3Q9R1R2 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Trim3Q9R1R2 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Trim3Q9R1R2 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Trim3Q9R1R2 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Trim3Q9R1R2 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Trim3Q9R1R2 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Trim3Q9R1R2 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trim3Q9R1R2 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Trim3Q9R1R2 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Trim3Q9R1R2 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Trim3Q9R1R2 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Trim3Q9R1R2 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 83.5 ms