Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trim39Q9ESN2 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
Trim39Q9ESN2 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Trim39Q9ESN2 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Trim39Q9ESN2 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Trim39Q9ESN2 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Trim39Q9ESN2 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Trim39Q9ESN2 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Trim39Q9ESN2 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Trim39Q9ESN2 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Trim39Q9ESN2 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Trim39Q9ESN2 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trim39Q9ESN2 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Trim39Q9ESN2 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Trim39Q9ESN2 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Trim39Q9ESN2 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trim39Q9ESN2 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim39Q9ESN2 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trim39Q9ESN2 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trim39Q9ESN2 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trim39Q9ESN2 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trim39Q9ESN2 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim39Q9ESN2 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim39Q9ESN2 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trim39Q9ESN2 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim39Q9ESN2 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim39Q9ESN2 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim39Q9ESN2 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim39Q9ESN2 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim39Q9ESN2 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim39Q9ESN2 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim39Q9ESN2 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim39Q9ESN2 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim39Q9ESN2 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.1 ms