Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
Trim39Q9ESN2 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
Trim39Q9ESN2 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Trim39Q9ESN2 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Trim39Q9ESN2 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Trim39Q9ESN2 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Trim39Q9ESN2 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Trim39Q9ESN2 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
Trim39Q9ESN2 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Trim39Q9ESN2 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
Trim39Q9ESN2 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Trim39Q9ESN2 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Trim39Q9ESN2 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Trim39Q9ESN2 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim39Q9ESN2 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim39Q9ESN2 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim39Q9ESN2 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim39Q9ESN2 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Trim39Q9ESN2 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
Trim39Q9ESN2 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Trim39Q9ESN2 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Trim39Q9ESN2 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trim39Q9ESN2 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Trim39Q9ESN2 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Trim39Q9ESN2 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Trim39Q9ESN2 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Trim39Q9ESN2 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim39Q9ESN2 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Trim39Q9ESN2 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Trim39Q9ESN2 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Trim39Q9ESN2 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
Trim39Q9ESN2 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Trim39Q9ESN2 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Trim39Q9ESN2 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Trim39Q9ESN2 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Trim39Q9ESN2 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Trim39Q9ESN2 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Trim39Q9ESN2 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Trim39Q9ESN2 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Trim39Q9ESN2 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim39Q9ESN2 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Trim39Q9ESN2 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Trim39Q9ESN2 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Trim39Q9ESN2 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Trim39Q9ESN2 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Trim39Q9ESN2 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Trim39Q9ESN2 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Trim39Q9ESN2 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Trim39Q9ESN2 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Trim39Q9ESN2 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
Trim39Q9ESN2 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Trim39Q9ESN2 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
Trim39Q9ESN2 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Trim39Q9ESN2 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Trim39Q9ESN2 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Trim39Q9ESN2 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Trim39Q9ESN2 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Trim39Q9ESN2 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim39Q9ESN2 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim39Q9ESN2 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Trim39Q9ESN2 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Trim39Q9ESN2 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Trim39Q9ESN2 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
Trim39Q9ESN2 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
Trim39Q9ESN2 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Trim39Q9ESN2 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Trim39Q9ESN2 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Trim39Q9ESN2 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Trim39Q9ESN2 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Trim39Q9ESN2 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
Trim39Q9ESN2 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Trim39Q9ESN2 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Trim39Q9ESN2 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Trim39Q9ESN2 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
Trim39Q9ESN2 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Trim39Q9ESN2 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Trim39Q9ESN2 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Trim39Q9ESN2 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Trim39Q9ESN2 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Trim39Q9ESN2 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Trim39Q9ESN2 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Trim39Q9ESN2 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Trim39Q9ESN2 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Trim39Q9ESN2 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Trim39Q9ESN2 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Trim39Q9ESN2 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Trim39Q9ESN2 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Trim39Q9ESN2 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Trim39Q9ESN2 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Trim39Q9ESN2 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim39Q9ESN2 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim39Q9ESN2 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim39Q9ESN2 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Trim39Q9ESN2 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Trim39Q9ESN2 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Trim39Q9ESN2 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Trim39Q9ESN2 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Trim39Q9ESN2 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Trim39Q9ESN2 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Trim39Q9ESN2 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
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