Protein–RNA interactions for Protein: Q62059

Vcan, Versican core protein, mousemouse

Predictions only

Length 3,357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VcanQ62059 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VcanQ62059 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
VcanQ62059 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VcanQ62059 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VcanQ62059 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VcanQ62059 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VcanQ62059 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VcanQ62059 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VcanQ62059 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VcanQ62059 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
VcanQ62059 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VcanQ62059 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VcanQ62059 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VcanQ62059 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VcanQ62059 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VcanQ62059 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VcanQ62059 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VcanQ62059 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VcanQ62059 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VcanQ62059 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VcanQ62059 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VcanQ62059 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VcanQ62059 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VcanQ62059 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VcanQ62059 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VcanQ62059 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VcanQ62059 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VcanQ62059 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VcanQ62059 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
VcanQ62059 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VcanQ62059 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VcanQ62059 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VcanQ62059 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VcanQ62059 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VcanQ62059 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VcanQ62059 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VcanQ62059 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
VcanQ62059 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VcanQ62059 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VcanQ62059 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VcanQ62059 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VcanQ62059 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VcanQ62059 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
VcanQ62059 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
VcanQ62059 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VcanQ62059 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VcanQ62059 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VcanQ62059 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VcanQ62059 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VcanQ62059 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VcanQ62059 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
VcanQ62059 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VcanQ62059 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VcanQ62059 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VcanQ62059 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VcanQ62059 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VcanQ62059 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VcanQ62059 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VcanQ62059 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VcanQ62059 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VcanQ62059 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VcanQ62059 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VcanQ62059 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VcanQ62059 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VcanQ62059 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VcanQ62059 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VcanQ62059 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.79
VcanQ62059 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VcanQ62059 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VcanQ62059 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VcanQ62059 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VcanQ62059 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VcanQ62059 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VcanQ62059 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VcanQ62059 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
VcanQ62059 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VcanQ62059 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.3 ms