Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULJ3

Upf3a, MCG3697, isoform CRA_c, mousemouse

Predictions only

Length 422 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3aQ3ULJ3 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Upf3aQ3ULJ3 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Upf3aQ3ULJ3 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC30■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Upf3aQ3ULJ3 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
Upf3aQ3ULJ3 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Upf3aQ3ULJ3 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
Upf3aQ3ULJ3 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Upf3aQ3ULJ3 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Upf3aQ3ULJ3 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
Upf3aQ3ULJ3 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Upf3aQ3ULJ3 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Upf3aQ3ULJ3 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Upf3aQ3ULJ3 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Upf3aQ3ULJ3 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Upf3aQ3ULJ3 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Upf3aQ3ULJ3 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Upf3aQ3ULJ3 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Upf3aQ3ULJ3 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Upf3aQ3ULJ3 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Upf3aQ3ULJ3 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Upf3aQ3ULJ3 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Upf3aQ3ULJ3 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Upf3aQ3ULJ3 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Upf3aQ3ULJ3 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Upf3aQ3ULJ3 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
Upf3aQ3ULJ3 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Upf3aQ3ULJ3 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Upf3aQ3ULJ3 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
Upf3aQ3ULJ3 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
Upf3aQ3ULJ3 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Upf3aQ3ULJ3 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Upf3aQ3ULJ3 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Upf3aQ3ULJ3 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Upf3aQ3ULJ3 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Upf3aQ3ULJ3 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Upf3aQ3ULJ3 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Upf3aQ3ULJ3 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
Upf3aQ3ULJ3 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Upf3aQ3ULJ3 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Upf3aQ3ULJ3 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Upf3aQ3ULJ3 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Upf3aQ3ULJ3 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Upf3aQ3ULJ3 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Upf3aQ3ULJ3 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Upf3aQ3ULJ3 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Upf3aQ3ULJ3 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
Upf3aQ3ULJ3 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Upf3aQ3ULJ3 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Upf3aQ3ULJ3 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Upf3aQ3ULJ3 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Upf3aQ3ULJ3 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Upf3aQ3ULJ3 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Upf3aQ3ULJ3 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Upf3aQ3ULJ3 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Upf3aQ3ULJ3 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Upf3aQ3ULJ3 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Upf3aQ3ULJ3 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
Upf3aQ3ULJ3 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Upf3aQ3ULJ3 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Upf3aQ3ULJ3 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
Upf3aQ3ULJ3 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Upf3aQ3ULJ3 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Upf3aQ3ULJ3 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Upf3aQ3ULJ3 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Upf3aQ3ULJ3 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Upf3aQ3ULJ3 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
Upf3aQ3ULJ3 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Upf3aQ3ULJ3 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Upf3aQ3ULJ3 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Upf3aQ3ULJ3 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Upf3aQ3ULJ3 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Upf3aQ3ULJ3 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Upf3aQ3ULJ3 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
Upf3aQ3ULJ3 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Upf3aQ3ULJ3 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
Upf3aQ3ULJ3 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Upf3aQ3ULJ3 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Upf3aQ3ULJ3 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Upf3aQ3ULJ3 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Upf3aQ3ULJ3 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Upf3aQ3ULJ3 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Upf3aQ3ULJ3 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Upf3aQ3ULJ3 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Upf3aQ3ULJ3 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Upf3aQ3ULJ3 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.7 ms