Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC46.39■■■■■ 5.02
Col17a1Q07563 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.33■■■■■ 5.01
Col17a1Q07563 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.32■■■■■ 5.01
Col17a1Q07563 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.31■■■■■ 5
Col17a1Q07563 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC46.24■■■■■ 4.99
Col17a1Q07563 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC46.21■■■■■ 4.99
Col17a1Q07563 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC46.18■■■■■ 4.98
Col17a1Q07563 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC46.16■■■■■ 4.98
Col17a1Q07563 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.14■■■■■ 4.98
Col17a1Q07563 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC46.11■■■■■ 4.97
Col17a1Q07563 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC46.11■■■■■ 4.97
Col17a1Q07563 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC46.06■■■■■ 4.96
Col17a1Q07563 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC46■■■■■ 4.95
Col17a1Q07563 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC45.98■■■■■ 4.95
Col17a1Q07563 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC45.93■■■■■ 4.94
Col17a1Q07563 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.9■■■■■ 4.94
Col17a1Q07563 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.88■■■■■ 4.94
Col17a1Q07563 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC45.83■■■■■ 4.93
Col17a1Q07563 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC45.82■■■■■ 4.93
Col17a1Q07563 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC45.78■■■■■ 4.92
Col17a1Q07563 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC45.72■■■■■ 4.91
Col17a1Q07563 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.69■■■■■ 4.91
Col17a1Q07563 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC45.64■■■■■ 4.9
Col17a1Q07563 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC45.63■■■■■ 4.9
Col17a1Q07563 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.57■■■■■ 4.89
Col17a1Q07563 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC45.56■■■■■ 4.88
Col17a1Q07563 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC45.53■■■■■ 4.88
Col17a1Q07563 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC45.51■■■■■ 4.88
Col17a1Q07563 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.48■■■■■ 4.87
Col17a1Q07563 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.47■■■■■ 4.87
Col17a1Q07563 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.43■■■■■ 4.86
Col17a1Q07563 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC45.36■■■■■ 4.85
Col17a1Q07563 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.34■■■■■ 4.85
Col17a1Q07563 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.34■■■■■ 4.85
Col17a1Q07563 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.32■■■■■ 4.85
Col17a1Q07563 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC45.32■■■■■ 4.85
Col17a1Q07563 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.26■■■■■ 4.84
Col17a1Q07563 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC45.2■■■■■ 4.83
Col17a1Q07563 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.18■■■■■ 4.82
Col17a1Q07563 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC45.13■■■■■ 4.82
Col17a1Q07563 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC45.1■■■■■ 4.81
Col17a1Q07563 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC45.1■■■■■ 4.81
Col17a1Q07563 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.09■■■■■ 4.81
Col17a1Q07563 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC45.08■■■■■ 4.81
Col17a1Q07563 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC45.02■■■■■ 4.8
Col17a1Q07563 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC44.92■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC44.92■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC44.92■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC44.91■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.91■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC44.9■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.88■■■■■ 4.78
Col17a1Q07563 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.88■■■■■ 4.77
Col17a1Q07563 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC44.87■■■■■ 4.77
Col17a1Q07563 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC44.85■■■■■ 4.77
Col17a1Q07563 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.85■■■■■ 4.77
Col17a1Q07563 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.8■■■■■ 4.76
Col17a1Q07563 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.78■■■■■ 4.76
Col17a1Q07563 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC44.77■■■■■ 4.76
Col17a1Q07563 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC44.72■■■■■ 4.75
Col17a1Q07563 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC44.7■■■■■ 4.75
Col17a1Q07563 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC44.7■■■■■ 4.75
Col17a1Q07563 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.68■■■■■ 4.74
Col17a1Q07563 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC44.67■■■■■ 4.74
Col17a1Q07563 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.67■■■■■ 4.74
Col17a1Q07563 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC44.66■■■■■ 4.74
Col17a1Q07563 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC44.66■■■■■ 4.74
Col17a1Q07563 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.65■■■■■ 4.74
Col17a1Q07563 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC44.59■■■■■ 4.73
Col17a1Q07563 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC44.57■■■■■ 4.73
Col17a1Q07563 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.56■■■■■ 4.72
Col17a1Q07563 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC44.56■■■■■ 4.72
Col17a1Q07563 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
Col17a1Q07563 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.51■■■■■ 4.72
Col17a1Q07563 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.47■■■■■ 4.71
Col17a1Q07563 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC44.46■■■■■ 4.71
Col17a1Q07563 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC44.45■■■■■ 4.71
Col17a1Q07563 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC44.41■■■■■ 4.7
Col17a1Q07563 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.41■■■■■ 4.7
Col17a1Q07563 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.4■■■■■ 4.7
Col17a1Q07563 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC44.39■■■■■ 4.7
Col17a1Q07563 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.34■■■■■ 4.69
Col17a1Q07563 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC44.34■■■■■ 4.69
Col17a1Q07563 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.33■■■■■ 4.69
Col17a1Q07563 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.31■■■■■ 4.68
Col17a1Q07563 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC44.28■■■■■ 4.68
Col17a1Q07563 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC44.27■■■■■ 4.68
Col17a1Q07563 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.24■■■■■ 4.67
Col17a1Q07563 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.23■■■■■ 4.67
Col17a1Q07563 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.21■■■■■ 4.67
Col17a1Q07563 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC44.21■■■■■ 4.67
Col17a1Q07563 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.2■■■■■ 4.67
Col17a1Q07563 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.19■■■■■ 4.67
Col17a1Q07563 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.17■■■■■ 4.66
Col17a1Q07563 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC44.14■■■■■ 4.66
Col17a1Q07563 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.11■■■■■ 4.65
Col17a1Q07563 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC44.08■■■■■ 4.65
Col17a1Q07563 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC44.08■■■■■ 4.65
Col17a1Q07563 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.07■■■■■ 4.65
Col17a1Q07563 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC44.05■■■■■ 4.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.7 ms