Protein–RNA interactions for Protein: Q05722

Col9a1, Collagen alpha-1(IX) chain, mousemouse

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col9a1Q05722 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Col9a1Q05722 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Col9a1Q05722 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Col9a1Q05722 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col9a1Q05722 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col9a1Q05722 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Col9a1Q05722 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col9a1Q05722 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col9a1Q05722 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col9a1Q05722 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Col9a1Q05722 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col9a1Q05722 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
Col9a1Q05722 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col9a1Q05722 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col9a1Q05722 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col9a1Q05722 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col9a1Q05722 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col9a1Q05722 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col9a1Q05722 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col9a1Q05722 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col9a1Q05722 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col9a1Q05722 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col9a1Q05722 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col9a1Q05722 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col9a1Q05722 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col9a1Q05722 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col9a1Q05722 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col9a1Q05722 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col9a1Q05722 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col9a1Q05722 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col9a1Q05722 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col9a1Q05722 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col9a1Q05722 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col9a1Q05722 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col9a1Q05722 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col9a1Q05722 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col9a1Q05722 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Col9a1Q05722 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Col9a1Q05722 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col9a1Q05722 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col9a1Q05722 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
Col9a1Q05722 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col9a1Q05722 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col9a1Q05722 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col9a1Q05722 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col9a1Q05722 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col9a1Q05722 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col9a1Q05722 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col9a1Q05722 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col9a1Q05722 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col9a1Q05722 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col9a1Q05722 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col9a1Q05722 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col9a1Q05722 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col9a1Q05722 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col9a1Q05722 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col9a1Q05722 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Col9a1Q05722 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Col9a1Q05722 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
Col9a1Q05722 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Col9a1Q05722 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col9a1Q05722 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col9a1Q05722 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col9a1Q05722 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col9a1Q05722 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col9a1Q05722 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col9a1Q05722 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
Col9a1Q05722 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col9a1Q05722 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col9a1Q05722 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col9a1Q05722 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col9a1Q05722 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col9a1Q05722 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col9a1Q05722 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col9a1Q05722 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
Col9a1Q05722 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Col9a1Q05722 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col9a1Q05722 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col9a1Q05722 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col9a1Q05722 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col9a1Q05722 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col9a1Q05722 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col9a1Q05722 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col9a1Q05722 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
Col9a1Q05722 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col9a1Q05722 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col9a1Q05722 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
Col9a1Q05722 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Col9a1Q05722 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
Col9a1Q05722 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col9a1Q05722 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col9a1Q05722 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col9a1Q05722 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms