Protein–RNA interactions for Protein: Q05722

Col9a1, Collagen alpha-1(IX) chain, mousemouse

Predictions only

Length 921 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col9a1Q05722 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC41.07■■■■■ 4.17
Col9a1Q05722 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
Col9a1Q05722 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
Col9a1Q05722 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC36.38■■■■□ 3.41
Col9a1Q05722 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
Col9a1Q05722 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Col9a1Q05722 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
Col9a1Q05722 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
Col9a1Q05722 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
Col9a1Q05722 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC34.33■■■■□ 3.09
Col9a1Q05722 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Col9a1Q05722 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
Col9a1Q05722 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
Col9a1Q05722 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
Col9a1Q05722 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC33.71■■■□□ 2.99
Col9a1Q05722 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
Col9a1Q05722 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
Col9a1Q05722 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Col9a1Q05722 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC32.83■■■□□ 2.85
Col9a1Q05722 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Col9a1Q05722 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.55■■■□□ 2.8
Col9a1Q05722 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
Col9a1Q05722 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
Col9a1Q05722 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Col9a1Q05722 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
Col9a1Q05722 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
Col9a1Q05722 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
Col9a1Q05722 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
Col9a1Q05722 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
Col9a1Q05722 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC31.83■■■□□ 2.69
Col9a1Q05722 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
Col9a1Q05722 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
Col9a1Q05722 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
Col9a1Q05722 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
Col9a1Q05722 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
Col9a1Q05722 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC31.15■■■□□ 2.58
Col9a1Q05722 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
Col9a1Q05722 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
Col9a1Q05722 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
Col9a1Q05722 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
Col9a1Q05722 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
Col9a1Q05722 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
Col9a1Q05722 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
Col9a1Q05722 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
Col9a1Q05722 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
Col9a1Q05722 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
Col9a1Q05722 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
Col9a1Q05722 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
Col9a1Q05722 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
Col9a1Q05722 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Col9a1Q05722 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
Col9a1Q05722 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Col9a1Q05722 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
Col9a1Q05722 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Col9a1Q05722 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
Col9a1Q05722 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
Col9a1Q05722 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
Col9a1Q05722 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Col9a1Q05722 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col9a1Q05722 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col9a1Q05722 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Col9a1Q05722 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Col9a1Q05722 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC29.84■■■□□ 2.37
Col9a1Q05722 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Col9a1Q05722 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Col9a1Q05722 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Col9a1Q05722 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
Col9a1Q05722 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Col9a1Q05722 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Col9a1Q05722 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Col9a1Q05722 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Col9a1Q05722 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col9a1Q05722 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
Col9a1Q05722 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
Col9a1Q05722 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29.45■■■□□ 2.3
Col9a1Q05722 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
Col9a1Q05722 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Col9a1Q05722 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Col9a1Q05722 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Col9a1Q05722 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Col9a1Q05722 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Col9a1Q05722 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
Col9a1Q05722 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Col9a1Q05722 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Col9a1Q05722 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col9a1Q05722 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col9a1Q05722 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Col9a1Q05722 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Col9a1Q05722 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Col9a1Q05722 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Col9a1Q05722 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Col9a1Q05722 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col9a1Q05722 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col9a1Q05722 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col9a1Q05722 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col9a1Q05722 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Col9a1Q05722 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Col9a1Q05722 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Col9a1Q05722 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Col9a1Q05722 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms