Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
Traf1P39428 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Traf1P39428 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
Traf1P39428 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
Traf1P39428 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
Traf1P39428 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
Traf1P39428 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
Traf1P39428 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Traf1P39428 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
Traf1P39428 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
Traf1P39428 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
Traf1P39428 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
Traf1P39428 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Traf1P39428 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
Traf1P39428 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Traf1P39428 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Traf1P39428 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Traf1P39428 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC31.94■■■□□ 2.7
Traf1P39428 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
Traf1P39428 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
Traf1P39428 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
Traf1P39428 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
Traf1P39428 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
Traf1P39428 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
Traf1P39428 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
Traf1P39428 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
Traf1P39428 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
Traf1P39428 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
Traf1P39428 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
Traf1P39428 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
Traf1P39428 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
Traf1P39428 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC31.65■■■□□ 2.66
Traf1P39428 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
Traf1P39428 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
Traf1P39428 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
Traf1P39428 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
Traf1P39428 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
Traf1P39428 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
Traf1P39428 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
Traf1P39428 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
Traf1P39428 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
Traf1P39428 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
Traf1P39428 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC31.39■■■□□ 2.62
Traf1P39428 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
Traf1P39428 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC31.38■■■□□ 2.61
Traf1P39428 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
Traf1P39428 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
Traf1P39428 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
Traf1P39428 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
Traf1P39428 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
Traf1P39428 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
Traf1P39428 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
Traf1P39428 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
Traf1P39428 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
Traf1P39428 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Traf1P39428 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Traf1P39428 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
Traf1P39428 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
Traf1P39428 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
Traf1P39428 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Traf1P39428 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
Traf1P39428 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Traf1P39428 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Traf1P39428 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
Traf1P39428 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Traf1P39428 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
Traf1P39428 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
Traf1P39428 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
Traf1P39428 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
Traf1P39428 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
Traf1P39428 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
Traf1P39428 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
Traf1P39428 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
Traf1P39428 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
Traf1P39428 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
Traf1P39428 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
Traf1P39428 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC30.71■■■□□ 2.51
Traf1P39428 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
Traf1P39428 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
Traf1P39428 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
Traf1P39428 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
Traf1P39428 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
Traf1P39428 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
Traf1P39428 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
Traf1P39428 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
Traf1P39428 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
Traf1P39428 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
Traf1P39428 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC30.59■■■□□ 2.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.9 ms