Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQE8

RTRAF, RNA transcription, translation and transport factor protein, mousemouse

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTRAFQ9CQE8 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
RTRAFQ9CQE8 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Stim2-201ENSMUST00000117661 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Atmin-201ENSMUST00000109099 4877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
RTRAFQ9CQE8 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Lgr4-201ENSMUST00000046548 5060 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Kmt2b-201ENSMUST00000006470 8469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RTRAFQ9CQE8 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Gab1-201ENSMUST00000034150 4870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RTRAFQ9CQE8 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.9 ms