Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

Predictions only

Length 366 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Trim54Q9ERP3 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Trim54Q9ERP3 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Trim54Q9ERP3 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Trim54Q9ERP3 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Trim54Q9ERP3 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Trim54Q9ERP3 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Trim54Q9ERP3 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Trim54Q9ERP3 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Trim54Q9ERP3 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim54Q9ERP3 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim54Q9ERP3 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.3 ms