Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp39Q3TIX9 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usp39Q3TIX9 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Usp39Q3TIX9 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
Usp39Q3TIX9 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Usp39Q3TIX9 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.3 ms