Protein–RNA interactions for Protein: O35988

Sdc4, Syndecan-4, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc4O35988 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sdc4O35988 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sdc4O35988 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Sdc4O35988 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sdc4O35988 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Sdc4O35988 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52 ms