RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	USP39	Q53GS9	565 aa	Known RBP	12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	TECRL	Q5HYJ1	363 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	C11orf96	Q7Z7L8	435 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF547	Q8IVP9	402 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKRD42	Q8N9B4	389 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ARMC2	Q8NEN0	867 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	EEF1AKMT1	Q8WVE0	214 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC126	Q96EE4	140 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ORAI3	Q9BRQ5	295 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	C6orf106	Q9H6K1	298 aa	Predicted RBP	12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	PRMT8	Q9NR22	394 aa	Predicted RBP	12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP8B1	Q9UNU6	501 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CDYL	Q9Y232	598 aa		12.54	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	PLXNA2	O75051	1894 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	PRR19	A6NJB7	356 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	GFY	I3L273	518 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CACNB4	O00305	520 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC31A1	O15431	190 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	KERA	O60938	352 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	SNUPN	O95149	360 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CEACAM5	P06731	702 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	TDGF1	P13385	188 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF8	P17098	575 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	TFEB	P19484	476 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	KEL	P23276	732 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	GRK2	P25098	689 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNC1	P48547	511 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CLCNKA	P51800	687 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	PGGT1B	P53609	377 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJB13	P59910	316 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	NFKB2	Q00653	900 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	DMPK	Q09013	629 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ANGPT1	Q15389	498 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	C16orf46	Q6P387	395 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ZYG11A	Q6WRX3	759 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	DCP2	Q8IU60	420 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	OXR1	Q8N573	874 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2L2	Q8NH16	312 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	LKAAEAR1	Q8TD35	194 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	FOXJ1	Q92949	421 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	BIRC7	Q96CA5	298 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF317	Q96PQ6	595 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ATOH8	Q96SQ7	321 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	LGR4	Q9BXB1	951 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2AG1	Q9H205	316 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	C12orf65	Q9H3J6	166 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	DPEP2	Q9H4A9	486 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	EBF2	Q9HAK2	575 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	RDH14	Q9HBH5	336 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CD93	Q9NPY3	652 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	GPR27	Q9NS67	375 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	OXSM	Q9NWU1	459 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	GULP1	Q9UBP9	304 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB32	Q9Y2Y4	487 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	CACNA1H	O95180	2353 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	WDFY4	Q6ZS81	3184 aa		12.53	□□□□□ -0.4
TRAF4-208	ENST00000469529	SYCE1L	A8MT33	242 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	KMO	O15229	486 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB14	O43829	449 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM13	O60858	407 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	MTX2	O75431	263 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	POP7	O75817	140 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	MATN4	O95460	622 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	TOP3B	O95985	862 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	PCCB	P05166	539 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ENO2	P09104	434 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	TPBGL	P0DKB5	382 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	MTHFD2	P13995	350 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	TAC1	P20366	129 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP5F1	P24539	256 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	CD27	P26842	260 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	LSP1	P33241	339 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	RABIF	P47224	123 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGAP8	P85298	464 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ASPH	Q12797	758 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	OVGP1	Q12889	678 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ACSBG2	Q5FVE4	666 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	METTL2B	Q6P1Q9	378 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	TTC23L	Q6PF05	361 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ADAMTSL2	Q86TH1	951 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	C11orf74	Q86VG3	221 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	IQCH	Q86VS3	1027 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	WDR5B	Q86VZ2	330 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	NUDCD3	Q8IVD9	361 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC22A9	Q8IVM8	553 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	CPNE9	Q8IYJ1	553 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC22A15	Q8IZD6	547 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO15	Q8NCQ5	510 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	HM13	Q8TCT9	377 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	DYDC1	Q8WWB3	177 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ASB11	Q8WXH4	323 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF75CP	Q92670	426 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	GLMN	Q92990	594 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	PTER	Q96BW5	349 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	LINGO1	Q96FE5	620 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	TIMM29	Q9BSF4	260 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	GPR174	Q9BXC1	333 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	C1QTNF3	Q9BXJ4	246 aa		12.52	□□□□□ -0.41
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC12A9	Q9BXP2	914 aa		12.52	□□□□□ -0.41

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