RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	BMP8B	P34820	402 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	SCNN1G	P51170	649 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CETN1	Q12798	172 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	SHH	Q15465	462 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	DUOXA2	Q1HG44	320 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CLLU1OS	Q5K130	101 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	ALKAL1	Q6UXT8	129 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	PARD3B	Q8TEW8	1205 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TUBGCP2	Q9BSJ2	902 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	UBQLN1	Q9UMX0	589 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	INSL6	Q9Y581	213 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	INPPL1	O15357	1258 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TLL1	O43897	1013 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	PHACTR2	O75167	634 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	SERPINC1	P01008	464 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	NFIC	P08651	508 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM49	P0CI25	452 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM49C	P0CI26	452 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	GTF2H1	P32780	548 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	BIRC3	Q13489	604 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	MAN2A1	Q16706	1144 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	XKR4	Q5GH76	650 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	RASIP1	Q5U651	963 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	BORCS6	Q96GS4	357 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CARNS1	A5YM72	827 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	PTGES	O14684	152 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TPM3	P06753	285 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF18	P17022	549 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CYP3A5	P20815	502 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	GATM	P50440	423 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	MXI1	P50539	228 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	DLG4	P78352	724 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CLDN10	P78369	228 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TUSC3	Q13454	348 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	FILIP1L	Q4L180	1135 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	SPOUT1	Q5T280	376 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	IRF2BP1	Q8IU81	584 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TDH	Q8IZJ6	230 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CCDC150	Q8NCX0	1101 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC35C1	Q96A29	364 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	UROC1	Q96N76	676 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	CASD1	Q96PB1	797 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	PPP1R10	Q96QC0	940 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	POP1	Q99575	1024 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	RAD9A	Q99638	391 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	IMPG2	Q9BZV3	1241 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	MTMR12	Q9C0I1	747 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	INTS13	Q9NVM9	706 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	ITGA11	Q9UKX5	1188 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-223	ENST00000555904	MEFV	O15553	781 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ZC3H11A	O75152	810 aa	Known RBP eCLIP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT19	P08727	400 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ATP1A3	P13637	1013 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	PIK3CA	P42336	1068 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	GCLM	P48507	274 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	MYL7	Q01449	175 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TRPC3	Q13507	836 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT31	Q15323	416 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	VWA3B	Q502W6	1294 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT39	Q6A163	491 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	EFCAB13	Q8IY85	973 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	FIBCD1	Q8N539	461 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ZMAT2	Q96NC0	199 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	NDST4	Q9H3R1	872 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	AAAS	Q9NRG9	546 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	RNF19A	Q9NV58	838 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	DPP3	Q9NY33	737 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TUBGCP4	Q9UGJ1	667 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TET1	Q8NFU7	2136 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	PTPRJ	Q12913	1337 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ITGB3	P05106	788 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	RPL9	P32969	192 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	FMO5	P49326	533 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	WNT7B	P56706	349 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	PLCB2	Q00722	1185 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	KCNH2	Q12809	1159 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	MYO1E	Q12965	1108 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-223	ENST00000555904	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		13.51	□□□□□ -0.25

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