RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	RUFY4	Q6ZNE9	571 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	INTS8	Q75QN2	995 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	RSPH3	Q86UC2	560 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	VSTM4	Q8IW00	320 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ERGIC2	Q96RQ1	377 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	INTS13	Q9NVM9	706 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	HSPBP1	Q9NZL4	362 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TNFSF13B	Q9Y275	285 aa		13.93	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ITIH6	Q6UXX5	1313 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ARID2	Q68CP9	1835 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1B0GUA9	196 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	KBTBD13	C9JR72	458 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	EXTL3	O43909	919 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	EXOC3	O60645	756 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	VTN	P04004	478 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	PRKCB	P05771	671 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	IQCF3	P0C7M6	154 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	AXL	P30530	894 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CLDN10	P78369	228 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF200	P98182	395 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC40	Q4G0X9	1142 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ARMCX5	Q6P1M9	558 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TMC2	Q8TDI7	906 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	IQCD	Q96DY2	449 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	NLRP4	Q96MN2	994 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CBWD1	Q9BRT8	395 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TARS2	Q9BW92	718 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	IKZF4	Q9H2S9	585 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	NDST4	Q9H3R1	872 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	MINDY3	Q9H8M7	445 aa		13.92	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PQY0	241 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	GTPBP10	A4D1E9	387 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	INO80B-WBP1	J3KQ70	363 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ARVCF	O00192	962 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CLDN3	O15551	220 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CASP4	P49662	377 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	RBL2	Q08999	1139 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	PRPF4B	Q13523	1007 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	KYAT1	Q16773	422 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	HS1BP3	Q53T59	392 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	HSP90AA4P	Q58FG1	418 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	USP37	Q86T82	979 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM186B	Q8IYM0	893 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	GPD1L	Q8N335	351 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKLE1	Q8NAG6	615 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	POMGNT1	Q8WZA1	660 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC35C1	Q96A29	364 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	EEF2KMT	Q96G04	330 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	VPS16	Q9H269	839 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	UTP18	Q9Y5J1	556 aa	Known RBP eCLIP	13.91	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CNTNAP2	Q9UHC6	1331 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF233	A6NK53	670 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TISP43	B9A030	160 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	P4HA2	O15460	535 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TEX33	O43247	280 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM189A1	O60320	539 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	GTF2H1	P32780	548 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	MRPS6	P82932	125 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TBX2	Q13207	712 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SNRNP35	Q16560	246 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	PTGIS	Q16647	500 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FIGN	Q5HY92	759 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	CEP135	Q66GS9	1140 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SPECC1L	Q69YQ0	1117 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SMYD5	Q6GMV2	418 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	NLRP7	Q8WX94	980 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	BICD1	Q96G01	975 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	STARD7	Q9NQZ5	370 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	AGO2	Q9UKV8	859 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	USP20	Q9Y2K6	914 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TRAF4-208	ENST00000469529	OGT	O15294	1046 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	STX10	O60499	249 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	TSPAN1	O60635	241 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	EDN1	P05305	212 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	ADRB2	P07550	413 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	MCF2	P10911	925 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXA11	P31270	313 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP2J2	P51589	502 aa		13.89	□□□□□ -0.19

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