RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 SMCO2A6NFE2 343 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PPFIA3O75145 1194 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 UPP2O95045 317 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PGK2P07205 417 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TAL1P17542 331 aaPredicted RBP8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ABL2P42684 1182 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PAPOLAP51003 745 aaKnown RBP8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SNAP25P60880 206 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NAA35Q5VZE5 725 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CAPRIN2Q6IMN6 1127 aaKnown RBP8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 C6orf89Q6UWU4 347 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RAET1EQ8TD07 263 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 VWCEQ96DN2 955 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 C16orf70Q9BSU1 422 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 YIPF3Q9GZM5 350 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 EHMT1Q9H9B1 1298 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 EBF2Q9HAK2 575 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TRPC6Q9Y210 931 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 IVNS1ABPQ9Y6Y0 642 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FAM86B1E9PN63 330 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SMAPO00193 183 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FAM86B2P0C5J1 330 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FUT4P22083 530 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PURAQ00577 322 aaKnown RBP8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 AKAP17AQ02040 695 aaKnown RBP8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 LRRC41Q15345 812 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CCDC181Q5TID7 509 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ZNF280DQ6N043 979 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NFRKBQ6P4R8 1299 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 EPN3Q9H201 632 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ZMYM2Q9UBW7 1377 aa8.35□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SOWAHDA6NJG2 315 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MMP3P08254 477 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 BMP8BP34820 402 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TOB1P50616 345 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PTPN21Q16825 1174 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 EARS2Q5JPH6 523 aaKnown RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ZNF746Q6NUN9 644 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SLC30A9Q6PML9 568 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 METTL7BQ6UX53 244 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ABHD15Q6UXT9 468 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RAD9BQ6WBX8 426 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CCNI2Q6ZMN8 369 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TMEM110Q86TL2 294 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TRIM22Q8IYM9 498 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ANKRD35Q8N283 1001 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ZFAND2BQ8WV99 257 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PHKBQ93100 1093 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RMDN3Q96TC7 470 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PCYT2Q99447 389 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GPR20Q99678 358 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 TRIM7Q9C029 511 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 EIF4ENIF1Q9NRA8 985 aaKnown RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 A0A0U1RQJ8 604 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 C11orf97A0A1B0GVM6 126 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 MGRN1O60291 552 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 UBA1P22314 1058 aaKnown RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ARHGAP4P98171 946 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ITGB3BPQ13352 177 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 LAMC2Q13753 1193 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 E2F5Q15329 346 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PPP1R15BQ5SWA1 713 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RASIP1Q5U651 963 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CNNM4Q6P4Q7 775 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 REXO1Q8N1G1 1221 aaKnown RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ATRIPQ8WXE1 791 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 HAS1Q92839 578 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 FAM20AQ96MK3 541 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ALS2CR12Q96Q35 445 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 NLRC5Q86WI3 1866 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ZBTB42B2RXF5 422 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RXRAP19793 462 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 SLC26A2P50443 739 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 CEP55Q53EZ4 464 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 RNF187Q5TA31 235 aaPredicted RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 EMC10Q5UCC4 262 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ZNF473Q8WTR7 871 aaKnown RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 U2AF1L4Q8WU68 220 aaKnown RBP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 PDLIM7Q9NR12 457 aa8.34□□□□□ -1.07
USP4-211ENST00000485450 ANK1P16157 1881 aa8.34□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 IGKV6-21A0A0C4DH24 114 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 KIAA0355O15063 1070 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 GNAT1P11488 350 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 ELNP15502 786 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 PDCLQ13371 301 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 MTFR1Q15390 333 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 TARBP2Q15633 366 aaKnown RBP8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 KRT40Q6A162 431 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 TAX1BP1Q86VP1 789 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 GALNT15Q8N3T1 639 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 LINC00301Q8NCQ3 95 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 AENQ8WTP8 325 aaKnown RBP8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 RPGRIP1Q96KN7 1286 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 SCLT1Q96NL6 688 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 KIF28PB7ZC32 967 aa8.33□□□□□ -1.08
USP4-211ENST00000485450 RPLP2P05387 115 aaKnown RBP8.33□□□□□ -1.08
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