RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 ATP2B2Q01814 1243 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 TTLL12Q14166 644 aaPredicted RBP8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 XRRA1Q6P2D8 792 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 FERMT3Q86UX7 667 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 FAM228AQ86W67 206 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MYLK4Q86YV6 388 aaPredicted RBP8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 AOPEPQ8N6M6 819 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 FANCBQ8NB91 859 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 KIFC2Q96AC6 838 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ATG4CQ96DT6 458 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 XPO4Q9C0E2 1151 aaKnown RBP8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 RMI1Q9H9A7 625 aa8.52□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 GOLGA6L9A6NEM1 432 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 RANBP6O60518 1105 aaKnown RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 FMNL1O95466 1100 aaPredicted RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CYP2C8P10632 490 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 TUBB4BP68371 445 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MAP2K5Q13163 448 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MFSD4BQ5TF39 518 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 HHATQ5VTY9 493 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 TMEM165Q9HC07 324 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CHCHD3Q9NX63 227 aaKnown RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 TFIP11Q9UBB9 837 aaKnown RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ATXN2Q99700 1313 aaKnown RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 DOCK5Q9H7D0 1870 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CHUKO15111 745 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 STAM2O75886 525 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CYP3A4P08684 503 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ICAM3P32942 547 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CASP8Q14790 479 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PFKFB3Q16875 520 aaPredicted RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CCSAPQ6IQ19 270 aaPredicted RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 OR8K1Q8NGG5 319 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 AFAP1L1Q8TED9 768 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 BPIFA3Q9BQP9 254 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ACBD3Q9H3P7 528 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 SUDS3Q9H7L9 328 aaPredicted RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 KAT14Q9H8E8 782 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 SPATS2LQ9NUQ6 558 aaKnown RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CYP39A1Q9NYL5 469 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CDC27P30260 824 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 AARSP49588 968 aaKnown RBP eCLIP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PDCD2Q16342 344 aaPredicted RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 GADL1Q6ZQY3 521 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 NIPA1Q7RTP0 329 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PLEKHH3Q7Z736 793 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 STAG2Q8N3U4 1231 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 WDR24Q96S15 920 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ZMYND12Q9H0C1 365 aa8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 DDX20Q9UHI6 824 aaKnown RBP8.51□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 FRMD3A2A2Y4 597 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MYO1FO00160 1098 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 STXBP3O00186 592 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 EBAG9O00559 213 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PRPF6O94906 941 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MYL1P05976 194 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PARP1P09874 1014 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 HOXC8P31273 242 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CCNA1P78396 465 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CCDC15Q0P6D6 951 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ARHGEF6Q15052 776 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ME3Q16798 604 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 RASGRP2Q7LDG7 609 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 SRGAP1Q7Z6B7 1085 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 LRRC47Q8N1G4 583 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ANKLE1Q8NAG6 615 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 SPDYE1Q8NFV5 336 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 IWS1Q96ST2 819 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PORCNQ9H237 461 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ABCB6Q9NP58 842 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 IFNKQ9P0W0 207 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CEP350Q5VT06 3117 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 RTN3O95197 1032 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PRKG1Q13976 671 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 SNX17Q15036 470 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 TMEM67Q5HYA8 995 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 GALNT17Q6IS24 598 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 BLOC1S2Q6QNY1 142 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MOXD1Q6UVY6 613 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 VIPAS39Q9H9C1 493 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 BARHL2Q9NY43 387 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 RIPK3Q9Y572 518 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PTPRSQ13332 1948 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CYP3A7-CYP3A51PA0A087WV96 503 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 SPDYE3A6NKU9 549 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 COL6A1P12109 1028 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CYP3A7P24462 503 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 KIF5BP33176 963 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CHMP4BP1P59074 171 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 Q6ZUG5 572 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 EZH1Q92800 747 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PNKPQ96T60 521 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 UBAC1Q9BSL1 405 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 GBP3Q9H0R5 595 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 ODF2LQ9ULJ1 636 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 TPCN1Q9ULQ1 816 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MAPK8IP1Q9UQF2 711 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 PPP2R2CQ9Y2T4 447 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 CYP46A1Q9Y6A2 500 aa8.5□□□□□ -1.05
USP4-211ENST00000485450 MEIS2O14770 477 aa8.49□□□□□ -1.05
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