RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	MAP2K2	P36507	400 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	VEGFB	P49765	207 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	SCRN1	Q12765	414 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	MOGS	Q13724	837 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	COG2	Q14746	738 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	TMX3	Q96JJ7	454 aa		14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	14.53	□□□□□ -0.08
ABCD4-223	ENST00000555904	AOC2	O75106	756 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ALDH1A1	P00352	501 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	FDX1	P10109	184 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SMARCA1	P28370	1054 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CDC27	P30260	824 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC16A2	P36021	539 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	IFNL1	Q8IU54	200 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	NECAB1	Q8N987	351 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PPP1R9A	Q9ULJ8	1098 aa		14.52	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ZBED4	O75132	1171 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	LARGE1	O95461	756 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	TM4SF4	P48230	202 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ADGRF4	Q8IZF3	695 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	MB21D1	Q8N884	522 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	FBXO28	Q9NVF7	368 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	14.51	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	IFNAR1	P17181	557 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	DSG3	P32926	999 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	HERVK_113	P62684	666 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	TRAF1	Q13077	416 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	HOMER1	Q86YM7	354 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PTPN18	Q99952	460 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PNMA2	Q9UL42	364 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	KIF3A	Q9Y496	699 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PTPRF	P10586	1907 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	VWA5A	O00534	786 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CYP2C8	P10632	490 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	WASF1	Q92558	559 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PHKB	Q93100	1093 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ATG4C	Q96DT6	458 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CPVL	Q9H3G5	476 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		14.49	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ZBTB5	O15062	677 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	OAZ1	P54368	228 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PLS1	Q14651	629 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	LBX2	Q6XYB7	198 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	NBPF11	Q86T75	865 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	ZIC5	Q96T25	663 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	14.48	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	STK36	Q9NRP7	1315 aa		14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CYTH3	O43739	400 aa		14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	DEXI	O95424	95 aa		14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	NTRK3	Q16288	839 aa		14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CCDC174	Q6PII3	467 aa		14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	14.47	□□□□□ -0.09
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		14.47	□□□□□ -0.09

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