RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC17	Q96LX7	622 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	LNPK	Q9C0E8	428 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	GUCY1A2	P33402	732 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	CDK8	P49336	464 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	SEPT2	Q15019	361 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	SBK1	Q52WX2	424 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289		M0R2C6	588 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	APP	P05067	770 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	NUCB1	Q02818	461 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	TICAM2	Q86XR7	235 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	ACER1	Q8TDN7	264 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	MYPN	Q86TC9	1320 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	BAZ2A	Q9UIF9	1905 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	RAET1E	Q8TD07	263 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L15	C9J2P7	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L11	C9JVI0	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L18	D6R9N7	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L22	D6RA61	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L19	D6RCP7	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L20	D6RJB6	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	TDO2	P48775	406 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	HERVK_113	P62684	666 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L24	Q0WX57	530 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	27.51	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	SMIM22	K7EJ46	135 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	AKR1B1	P15121	316 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	COA7	Q96BR5	231 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF333	Q96JL9	665 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	HTT	P42858	3142 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	VCAM1	P19320	739 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	PRKCZ	Q05513	592 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	SH2D4A	Q9H788	454 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	MKNK2	Q9HBH9	465 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A1W2PRG0	241 aa		27.47	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	ICA1	Q05084	483 aa		27.47	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	SH3TC2	Q8TF17	1288 aa		27.47	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		27.47	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		27.47	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	27.47	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		27.46	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	GRK4	P32298	578 aa		27.46	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		27.46	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		27.46	■■□□□ 1.99
PTPN4-208	ENST00000460289	FLT3LG	P49771	235 aa		27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	NAPB	Q9H115	298 aa		27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	GABRQ	Q9UN88	632 aa		27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	TMX2	Q9Y320	296 aa		27.45	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		27.44	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		27.44	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	LPAR1	Q92633	364 aa		27.44	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		27.44	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	MGAM	O43451	1857 aa		27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	IRF5	Q13568	498 aa		27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	RILPL2	Q969X0	211 aa		27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	TXNRD2	Q9NNW7	524 aa		27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	MYH8	P13535	1937 aa		27.43	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	RASA1	P20936	1047 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	ERVK-9	P63128	1117 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	ERVK-24	P63145	666 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF444	Q8N0Y2	327 aa	Predicted RBP	27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	PXYLP1	Q8TE99	480 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	BIN2	Q9UBW5	565 aa	Predicted RBP	27.42	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	POTEF	A5A3E0	1075 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	ADCY3	O60266	1144 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	EEF2	P13639	858 aa	Known RBP	27.41	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	PDE4B	Q07343	736 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	COG2	Q14746	738 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		27.41	■■□□□ 1.98
PTPN4-208	ENST00000460289	LBX2	Q6XYB7	198 aa		27.41	■■□□□ 1.98

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