RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000372405.1

PTPRF-202, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 1,962 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-202ENST00000372405 NBPF11Q86T75 865 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TTC6Q86TZ1 520 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 AMOTL1Q8IY63 956 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CMTR1Q8N1G2 835 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 NUP133Q8WUM0 1156 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 C8orf76Q96K31 380 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ZDHHC15Q96MV8 337 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 USP40Q9NVE5 1235 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 RBM27Q9P2N5 1060 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 IARSP41252 1262 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TGFB2P61812 414 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 KRT85P78386 507 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 PICALMQ13492 652 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 SGIP1Q9BQI5 828 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 MRIQ9BWK5 157 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TFIP11Q9UBB9 837 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 STK36Q9NRP7 1315 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 FMNL1O95466 1100 aaPredicted RBP16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 GUCY1A2P33402 732 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CDK8P49336 464 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CPLX2Q6PUV4 134 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 MKNK2Q9HBH9 465 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TMEM63CQ9P1W3 806 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 FER1L6Q2WGJ9 1857 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 MBD3O95983 291 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 POLD1P28340 1107 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 NFIAQ12857 509 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ALG1Q9BT22 464 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 SLC26A6Q9BXS9 759 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 PIM2Q9P1W9 311 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 SIPA1L1O43166 1804 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 MYH8P13535 1937 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 NT5C2P49902 561 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 HDLBPQ00341 1268 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 FUT2Q10981 343 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CATIPQ7Z7H3 387 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CCDC82Q8N4S0 544 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP16.05■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 KIF28PB7ZC32 967 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 DDAH1O94760 285 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 UBE2HP62256 183 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 GABPAQ06546 454 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 SSRP1Q08945 709 aaKnown RBP16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ANKS1AQ92625 1134 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ELP1O95163 1332 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CCDC196A0A1B0GTZ2 297 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 PLEKHA8P1O95397 391 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ZFPM1Q8IX07 1006 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 RGS22Q8NE09 1264 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 LEO1Q8WVC0 666 aaPredicted RBP16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 OSBPL5Q9H0X9 879 aaPredicted RBP16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TCP11L1Q9NUJ3 509 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 SERPINA10Q9UK55 444 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 FSD2A1L4K1 749 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TSPY3P0CV98 308 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 TSPY8P0CW00 308 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CACNB3P54284 484 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 PPP2R5BQ15173 497 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ZSCAN23Q3MJ62 389 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 KRT40Q6A162 431 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 GAS2L3Q86XJ1 694 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 DGKHQ86XP1 1220 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 ZNF444Q8N0Y2 327 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 LARGE2Q8N3Y3 721 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 BAZ2BQ9UIF8 2168 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CALM1P0DP23 149 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CALM2P0DP24 149 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 CALM3P0DP25 149 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 SCAND2PQ9GZW5 306 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-202ENST00000372405 PSDA5PKW4 1024 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 RAD17O75943 681 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 PTGER2P43116 358 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 TPRNQ4KMQ1 711 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 NEDD1Q8NHV4 660 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 SHISA4Q96DD7 197 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 SPATA32Q96LK8 384 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 USP28Q96RU2 1077 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 GMLQ99445 158 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 GNL3Q9BVP2 549 aaKnown RBP eCLIP16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 PSMD14O00487 310 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 SLURP2P0DP57 97 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 DALRD3Q5D0E6 543 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 TMTC3Q6ZXV5 915 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 ZNF287Q9HBT7 754 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 RBM28Q9NW13 759 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 PPP1R1BQ9UD71 204 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 FAM198AQ9UFP1 575 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 TAOK2Q9UL54 1235 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 DEXIO95424 95 aa16■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 VIL1P09327 827 aaKnown RBP16■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 PKN1Q16512 942 aa16■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 SOGA3Q5TF21 947 aa16■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 RSBN1LQ6PCB5 846 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
PTPRF-202ENST00000372405 TRIM22Q8IYM9 498 aa16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 47.3 ms