RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	29.09	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	DOCK1	Q14185	1865 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	HLA-DOA	P06340	250 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CPNE1-223	ENST00000475146	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	PTPRA	P18433	802 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	FKTN	O75072	461 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ADD2	P35612	726 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	SIPA1L1	O43166	1804 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	BTBD19	C9JJ37	291 aa		29.05	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ABHD8	Q96I13	439 aa		29.05	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	29.05	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	29.05	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	29.04	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	29.04	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	GCC1	Q96CN9	775 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	CXCL11	O14625	94 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	29.03	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	LCORL	Q8N3X6	602 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	29.03	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH1	P12882	1939 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	CAP2	P40123	477 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	DNAJC18	Q9H819	358 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ARMT1	Q9H993	441 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	29.02	■■■□□ 2.24
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH7	P12883	1935 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ERC2	O15083	957 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	MBD4	O95243	580 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	29.01	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM75P	A6NK02	468 aa		29	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	CHGB	P05060	677 aa		29	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	UBE3C	Q15386	1083 aa		29	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		29	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	TTC6	Q86TZ1	520 aa		29	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	NAV1	Q8NEY1	1877 aa		29	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	MX1	P20591	662 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ATAD5	Q96QE3	1844 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	28.98	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		28.98	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		28.98	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	PDHX	O00330	501 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	MOGS	Q13724	837 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	EHD4	Q9H223	541 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L5	A8MUK1	530 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	GDF11	O95390	407 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	SP3	Q02447	781 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ERO1A	Q96HE7	468 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	28.96	■■■□□ 2.23
CPNE1-223	ENST00000475146	ASNS	P08243	561 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	SPP2	Q13103	211 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	28.95	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	PRKAB2	O43741	272 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	TLR2	O60603	784 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	PLCD1	P51178	756 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	SHROOM1	Q2M3G4	852 aa	Predicted RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBTB21	Q9ULJ3	1066 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM17	Q9Y577	477 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	PTPRF	P10586	1907 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	JAG1	P78504	1218 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	28.92	■■■□□ 2.22

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