RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	PDE6A	P16499	860 aa		27.88	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	USP5	P45974	858 aa		27.88	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	GPATCH3	Q96I76	525 aa		27.87	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	ECHDC1	Q9NTX5	307 aa		27.87	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM196B	A6NMK8	535 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	HLA-DOA	P06340	250 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	27.86	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	PALD1	Q9ULE6	856 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	SP3	Q02447	781 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	AAMP	Q13685	434 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	ERO1A	Q96HE7	468 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	CAP2	P40123	477 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
PTPN4-208	ENST00000460289	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	TLR2	O60603	784 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	27.81	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	PDHX	O00330	501 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	MOGS	Q13724	837 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	27.81	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	TTC6	Q86TZ1	520 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	ADD2	P35612	726 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGEF6	Q15052	776 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	FOCAD	Q5VW36	1801 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM75P	A6NK02	468 aa		27.79	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	GINM1	Q9NU53	330 aa		27.79	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM17	Q9Y577	477 aa		27.79	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L5	A8MUK1	530 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	ASNS	P08243	561 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	UBE3C	Q15386	1083 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	EHD4	Q9H223	541 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	DOCK1	Q14185	1865 aa		27.78	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	GCC1	Q96CN9	775 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	DNAJC18	Q9H819	358 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPN4-208	ENST00000460289	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	SPP2	Q13103	211 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	OTOP1	Q7RTM1	612 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	EFCC1	Q9HA90	598 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	ERC2	O15083	957 aa		27.75	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	27.75	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF22	Q14807	665 aa		27.75	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	LCORL	Q8N3X6	602 aa		27.75	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		27.75	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	C17orf99	Q6UX52	265 aa		27.74	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	ARMT1	Q9H993	441 aa		27.74	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		27.74	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	MBD4	O95243	580 aa		27.73	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		27.73	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		27.73	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR18	Q9BV38	432 aa		27.73	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	SIPA1L1	O43166	1804 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	ATP8A2	Q9NTI2	1148 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	MYH1	P12882	1939 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	27.71	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	GDF11	O95390	407 aa		27.71	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	PLCD1	P51178	756 aa		27.71	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	CPA4	Q9UI42	421 aa		27.71	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		27.71	■■■□□ 2.03
PTPN4-208	ENST00000460289	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		27.7	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	CYP2C8	P10632	490 aa		27.7	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	27.7	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB21	Q9ULJ3	1066 aa		27.7	■■■□□ 2.02

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