RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637667.1

CLN6-222, Transcript of CLN6, transmembrane ER protein, human

TSL 1 (best)

Gene CLN6, Length 874 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN6-222	ENST00000637667	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		24.73	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	GPR108	Q9NPR9	543 aa		24.73	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	24.73	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		24.73	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	AK9	Q5TCS8	1911 aa		24.73	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	TLR2	O60603	784 aa		24.72	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	MCAM	P43121	646 aa		24.72	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	GSTO1	P78417	241 aa		24.72	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	HTT	P42858	3142 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	LDHC	P07864	332 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	RHBDL3	P58872	404 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	PICALM	Q13492	652 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGEF6	Q15052	776 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	TNNI3K	Q59H18	835 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	RAI14	Q9P0K7	980 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		24.71	■■□□□ 1.55
CLN6-222	ENST00000637667	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	24.7	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	MAP3K10	Q02779	954 aa		24.7	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	KIAA0100	Q14667	2235 aa	Known RBP	24.69	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		24.69	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		24.69	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	24.69	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	24.68	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	24.68	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		24.68	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		24.68	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	PICK1	Q9NRD5	415 aa		24.68	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		24.68	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	24.67	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	CXCL11	O14625	94 aa		24.67	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	MOGS	Q13724	837 aa		24.67	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		24.67	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	ARMC5	Q96C12	935 aa		24.67	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	SNRK	Q9NRH2	765 aa		24.67	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	PDHX	O00330	501 aa		24.66	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	SLURP2	P0DP57	97 aa		24.66	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		24.66	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	PTPRA	P18433	802 aa		24.65	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	24.65	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	KIF22	Q14807	665 aa		24.65	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	PANK1	Q8TE04	598 aa		24.65	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	DOCK2	Q92608	1830 aa		24.64	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	24.64	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	CEP85	Q6P2H3	762 aa		24.64	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	C17orf99	Q6UX52	265 aa		24.64	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		24.64	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		24.64	■■□□□ 1.54
CLN6-222	ENST00000637667	TBC1D12	O60347	775 aa		24.63	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	24.63	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	TEX11	Q8IYF3	940 aa		24.63	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	24.63	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	CPA4	Q9UI42	421 aa		24.63	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	24.63	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		24.62	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		24.62	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	24.62	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	24.62	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	24.62	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		24.62	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	POTEF	A5A3E0	1075 aa		24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	24.61	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	FAM196B	A6NMK8	535 aa		24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	GNRH1	P01148	92 aa		24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	ZAP70	P43403	619 aa		24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF333	Q96JL9	665 aa		24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	24.6	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	BAG3	O95817	575 aa		24.59	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	PLCG2	P16885	1265 aa		24.59	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	24.59	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	24.59	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	IGSF3	O75054	1194 aa		24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	MS4A1	P11836	297 aa		24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	PPP4C	P60510	307 aa		24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	NBPF11	Q86T75	865 aa		24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		24.58	■■□□□ 1.53
CLN6-222	ENST00000637667	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	CYP2C8	P10632	490 aa		24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	CTGF	P29279	349 aa		24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	PSMC4	P43686	418 aa		24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	PRMT2	P55345	433 aa		24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		24.57	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	TRIM75P	A6NK02	468 aa		24.56	■■□□□ 1.52
CLN6-222	ENST00000637667	TRIM47	Q96LD4	638 aa		24.56	■■□□□ 1.52

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