RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	31.59	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	SPATA5	Q8NB90	893 aa		31.59	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		31.59	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		31.59	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	IGSF3	O75054	1194 aa		31.58	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	31.58	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	FKBP1B	P68106	108 aa		31.58	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		31.58	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		31.58	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		31.58	■■■□□ 2.65
NME3-208	ENST00000565379	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		31.57	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		31.57	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	MCAM	P43121	646 aa		31.57	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		31.57	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	VEZT	Q9HBM0	779 aa		31.57	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	STAP2	Q9UGK3	403 aa		31.57	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		31.56	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	31.56	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	CSRNP1	Q96S65	589 aa		31.55	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	31.54	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	31.53	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	DGKZ	Q13574	1117 aa		31.53	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	31.53	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		31.53	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	31.53	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	NF2	P35240	595 aa		31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	CRK	P46108	304 aa		31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	RGS19	P49795	217 aa		31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	PDE1A	P54750	535 aa		31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	HAUS7	Q99871	368 aa		31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	31.52	■■■□□ 2.64
NME3-208	ENST00000565379	RNF186	Q9NXI6	227 aa		31.51	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	31.51	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		31.51	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	31.51	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		31.51	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	TRPA1	O75762	1119 aa		31.5	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		31.5	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	31.5	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		31.5	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		31.5	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	MAST3	O60307	1309 aa		31.49	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	MYO1B	O43795	1136 aa		31.49	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	ZAP70	P43403	619 aa		31.49	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	RASA3	Q14644	834 aa		31.49	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		31.48	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	31.48	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		31.48	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	SNRK	Q9NRH2	765 aa		31.48	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	PI16	Q6UXB8	463 aa		31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		31.47	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	PDE4A	P27815	886 aa		31.46	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	CACNB3	P54284	484 aa		31.46	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		31.46	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	MRI	Q9BWK5	157 aa		31.46	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	ABCF2	Q9UG63	623 aa		31.46	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		31.45	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	31.45	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		31.45	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		31.45	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		31.45	■■■□□ 2.63
NME3-208	ENST00000565379	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	31.44	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		31.44	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	SLF2	Q8IX21	1173 aa		31.43	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	TEPSIN	Q96N21	525 aa		31.42	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	TMEM39B	Q9GZU3	492 aa		31.42	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	GOLIM4	O00461	696 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	PRDX5	P30044	214 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K12	Q12852	859 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	TEKT1	Q969V4	418 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	31.4	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	GSTO1	P78417	241 aa		31.4	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K11	Q16584	847 aa		31.4	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	31.4	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	TICAM2	Q86XR7	235 aa		31.4	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	RAI14	Q9P0K7	980 aa		31.4	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	31.39	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	SPRYD7	Q5W111	196 aa		31.39	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	31.39	■■■□□ 2.62	5e-32	■■■■□ 24.1
NME3-208	ENST00000565379	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	31.39	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		31.39	■■■□□ 2.62
NME3-208	ENST00000565379	OTOF	Q9HC10	1997 aa		31.38	■■■□□ 2.61
NME3-208	ENST00000565379	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		31.38	■■■□□ 2.61
NME3-208	ENST00000565379	SUPT20HL1	Q3ZLR7	823 aa		31.38	■■■□□ 2.61
NME3-208	ENST00000565379	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		31.38	■■■□□ 2.61
NME3-208	ENST00000565379	EVI5L	Q96CN4	794 aa		31.38	■■■□□ 2.61
NME3-208	ENST00000565379	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		31.38	■■■□□ 2.61
NME3-208	ENST00000565379	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		31.38	■■■□□ 2.61

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