RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		28.26	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	HMMR	O75330	724 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	HOOK2	Q96ED9	719 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	USP40	Q9NVE5	1235 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	TSKS	Q9UJT2	592 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		28.23	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	MCAM	P43121	646 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	SPRYD7	Q5W111	196 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM151A	Q8WW52	585 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	RNF186	Q9NXI6	227 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	GAK	O14976	1311 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	PI16	Q6UXB8	463 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PTPN4-208	ENST00000460289	TRPA1	O75762	1119 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	TM4SF4	P48230	202 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	GSTO1	P78417	241 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MECOM	Q03112	1051 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	SREBF2	Q12772	1141 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	LDHC	P07864	332 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	28.19	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	RAI14	Q9P0K7	980 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	28.19	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	28.19	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	INHBE	P58166	350 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP3K9	P80192	1104 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	TCP10	Q12799	353 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	DCAF15	Q66K64	600 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	WNK4	Q96J92	1243 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	SNRK	Q9NRH2	765 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	IGSF3	O75054	1194 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	BTD	P43251	543 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	NFIA	Q12857	509 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX55	Q8NHQ9	600 aa	Known RBP eCLIP	28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	IDI2	Q9BXS1	227 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	PPP1R3F	Q6ZSY5	799 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	AACS	Q86V21	672 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	28.15	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	CSAD	Q9Y600	493 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MYH2	Q9UKX2	1941 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	RAB11FIP3	O75154	756 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	ENTPD3	O75355	529 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	ELP3	Q9H9T3	547 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF384	Q8TF68	577 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	RGS3	P49796	1198 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	VGLL4	Q14135	290 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	APBB1	O00213	710 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	ALDH1A1	P00352	501 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	ZAP70	P43403	619 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	MIGA2	Q7L4E1	593 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	OPTN	Q96CV9	577 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	WRNIP1	Q96S55	665 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	28.1	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	BAG3	O95817	575 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	GJA5	P36382	358 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	RHBDL3	P58872	404 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	28.08	■■■□□ 2.09
PTPN4-208	ENST00000460289	PICALM	Q13492	652 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	IFNL1	Q8IU54	200 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	28.07	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	TBC1D8	O95759	1140 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	ERO1B	Q86YB8	467 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	28.06	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF112	Q9UJU3	913 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		28.06	■■■□□ 2.08

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