RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX30	Q5JUR7	227 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	GLYATL3	Q5SZD4	288 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PRAMEF6	Q5VXH4	476 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T5	Q6IEZ7	315 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPD2	Q6UXB3	125 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	CD300LD	Q6UXZ3	194 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF841	Q6ZN19	808 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PGAP1	Q75T13	922 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DOK3	Q7L591	496 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DCXR	Q7Z4W1	244 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP24	Q8N264	748 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	BPIFB2	Q8N4F0	458 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF511	Q8NB15	262 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T29	Q8NH02	315 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	NSL1	Q96IY1	281 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	JMJD8	Q96S16	334 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	NIPSNAP1	Q9BPW8	284 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SSBP3	Q9BWW4	388 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MUC13	Q9H3R2	512 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D23	Q9NUY8	699 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MIOX	Q9UGB7	285 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	NUP50	Q9UKX7	468 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464		U3KQV3	271 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV2-70D	A0A0C4DH43	119 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF13B	O14836	293 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	FCN3	O75636	299 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PLAT	P00750	562 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PPIAL4G	P0DN37	164 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC2A1	P11166	492 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS2	P15880	293 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF823	P16415	610 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	CA6	P23280	308 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMB10	P40306	273 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ENTPD1	P49961	510 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MALL	Q13021	153 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ARMCX4	Q5H9R4	360 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DRAM2	Q6UX65	266 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS45	Q7RTY3	260 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL21	Q7Z2W9	205 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DHFR2	Q86XF0	187 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRG5	Q8IZF4	528 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	C19orf18	Q8NEA5	215 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SPTSSA	Q969W0	71 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ERGIC1	Q969X5	290 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SPSB4	Q96A44	273 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SLAMF6	Q96DU3	332 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	NEIL1	Q96FI4	390 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	CLPTM1L	Q96KA5	538 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MRI1	Q9BV20	369 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MARCH7	Q9H992	704 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	CMC2	Q9NRP2	79 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	CTSZ	Q9UBR2	303 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5V1	Q9UGF6	321 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SAMHD1	Q9Y3Z3	626 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PPIAL4A	Q9Y536	164 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DHRS12	A0PJE2	317 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC30	A6NM36	301 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	C22orf46	C9J442	243 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF878	C9JN71	531 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF593	O00488	134 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	CALB2	P22676	271 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	FPR2	P25090	351 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PITPNB	P48739	271 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKX	P51817	358 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM98B	Q52LJ0	330 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL12	Q53G59	568 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR25	Q64LD2	544 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	DCDC5	Q6ZRR9	648 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM179B	Q7Z7N9	219 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf87	Q8N0U7	546 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T33	Q8NG76	320 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10G2	Q8NGC3	310 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	OR56B2P	Q8NGI1	322 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB40A	Q8WXH6	277 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	UPRT	Q96BW1	309 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ASB9	Q96DX5	294 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	AMELY	Q99218	206 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNJ15	Q99712	375 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	COPS4	Q9BT78	406 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAT1	Q9BUB4	502 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	MED20	Q9H944	212 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	NTN4	Q9HB63	628 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	UFSP2	Q9NUQ7	469 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	TAS2R1	Q9NYW7	299 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF19	Q9UMS4	504 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	BAIAP2	Q9UQB8	552 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PTPRF-211	ENST00000467464	KIR2DS1	A0A191URI9	304 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	ARRDC5	A6NEK1	342 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM183A	A6NL82	134 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	PHYH	O14832	338 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	GMDS	O60547	372 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM107A	O95990	144 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	SPARC	P09486	303 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PTPRF-211	ENST00000467464	RAP2A	P10114	183 aa		9.96	□□□□□ -0.82

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 120.4 ms